Схожесть с вирусом иммунодефицита шимпанзе (ВИШ), распространенным среди шимпанзе в Западной и Центральной Африке, указывает на первичный источник инфекции, которая, вероятно, передалась людям, использовавшим в пищу мясо шимпанзе.

Благодаря двум случайным находкам, сделанным при анализе образцов биологического материала, полученных 50 лет назад на территории бывшей Демократической Республики Конго, можно даже приблизительно назвать дату проникновения ВИЧ в популяцию человека. В 1998 г. исследователи обнаружили ВИЧ в образце крови, полученном в 1959 г. В 2008 г. была сделана вторая находка - ВИЧ в образце, полученном из лимфатического узла женщины в 1960 г. Эти два вируса несколько отличались друг от друга, что свидетельствовало о независимых эволюционных процессах их развития. Сопоставление генетических последовательностей позволило определить, что эти вирусы произошли от общего предшественника, а их эволюционные пути разделились в период с 1902 по 1921 гг. Таким образом, получается, что ВИЧ циркулировал в человеческой популяции, по крайней мере, с 20-х годов прошлого столетия. Дальнейший генетический анализ показал, что ВИЧ проник из Африки на Гаити, возможно, вскоре после приобретения Демократической Республикой Конго независимости от Бельгии в 1960 г., и прибыл в США примерно в 1969 г.

Майкл Воробей (Michael Worobey) из университета Аризоны, один из исследователей, обнаруживших ВИЧ в образцах полувековой давности, объясняет большую продолжительность периода между появлением и выявлением ВИЧ тем, что от момента инфицирования до появления симптомов заболевания обычно проходит примерно 10 лет. Более того, конечная стадия ВИЧ, получившая название синдром приобретенного иммунодефицита или СПИД, не ассоциирована со строго определенным комплексом симптомов, а приводит к смерти пациентов от различных инфекций. Учитывая то, что на территории Западной и Центральной Африки циркулирует достаточно большое количество опасных для жизни инфекций, нетрудно предположить, что определенная доля ассоциированных с ними смертей имела отношение и к ВИЧ.

По словам Воробья, действительно показательным фактом является то, что в США ВИЧ циркулировал инкогнито в течение примерно 12 лет. Учитывая динамику распространения ВИЧ, на момент регистрации первого случая в США уже должно было быть примерно 100 000 ВИЧ-инфицированных. Таким образом, на территории страны с высоким уровнем жизни для выявления вируса понадобилось 12 лет и 100 000 случаев инфицирования, поэтому причины ситуации, сложившейся на территории Африки, очевидны.