Голдфишка 44: Зеркало казино онлайн Голдфишка goldfishka44.xyz – чем заманивает игрока в свои сети виртуальный мир азартных забав?

Зеркало казино онлайн Голдфишка goldfishka44.xyz – чем заманивает игрока в свои сети виртуальный мир азартных забав?

 

Можно даже не пытаться найти человека, который, будучи членом современного общества, не знал бы, что собой представляют игровые автоматы онлайн, функционирующие на просторах сети интернет. Сегодня подавляющему большинству азартных персон известно, насколько виртуальные автоматы в Голдфишка рабочее зеркало превосходят по всем параметрам своих предшественников классического образца. Развлекательные площадки для почитателей остроты и риска предлагают свои гостям в круглосуточном режиме участвовать в процессе, осуществляемом посредством устройств с выходом в интернет сеть. Персональный, переносной или мобильный формат компьютера можно с лёгкостью использоваться для получения желаемых порций адреналина и солидных доходов.

 

Виртуальные машины наделены следующими положительными качествами:

 

• разнообразие механизмов пополнения денежного баланса и вывода выигрышей,
• невероятная палитра разнообразных экземпляров на любой вкус,
• возможность запуска непосредственно в момент определения со своими симпатиями относительно нужного варианта,
• любой ценитель острых переживаний имеет шансы на оценку и тестирование всех предложенных на ресурсе моделей,
• оперативная осведомлённость завсегдатая клуба о появлении новинки, которую можно активировать бесплатно, не прибегая к регистрационным манипуляциям,
• развлекательные продукты поставляются на площадку от именитых провайдеров и перспективных производителей.

 

Выбор на самом деле огромен, однако знаменитые поставщики софта радуют поклонников своих детищ появлением на рынке интересных новшеств.

 

Автомат Great Griffin

 

 

Гейм программисты из Microgaming решили помочь пользователям ближе познакомиться с мифическими мирами. Во времена Сократа на земле рядом с людьми обитало чудо-существо – не то лев, не то орёл. Грифон (так его называли) был хранителем сокровищ. Никому не известно, насколько легенда достоверна, но по сей день изображения этого существа олицетворяет силу и власть. Доступный интерфейс, восхитительное графическое исполнение и солидные шансы на отдачу делают такие слоты в Голдфишка рабочем зеркале goldfishka44.xyz востребованными среди азартной аудитории.

 

Слот Big Break: режим самообогащения на острове активирован!

 

Каждый человек по-своему представляет, каким должен быть качественный отдых. Одни предпочитают заниматься в свободное время экстримом, иные спешат окунуться в теплое море, а кому-тор не терпится запустить игровые автоматы онлайн. Именно крайний вариант станет оптимальным для всех, кто бежит от однообразия способов досуга. Азартная аудитория, активирующая виртуальные аппараты в Голдфишка рабочем зеркале с целью веселого времяпровождения, может позволить себе расслабляться в любой день, при этом зарабатывая хорошие деньги. Оригинальные слоты от компании Microgaming помогают разнообразить досуг, подтверждением чего стал образец Big Break, действующие лица которого не дадут заскучать. Забавные обезьяны умеют не только развлекать своих друзей, но ещё и угощают их аппетитными экзотическими плодами.

 

 

Описание Big Break

 

1. Классическая подборка из пяти дисков и 15 выигрышных дорожек поможет участнику добиться успеха.
2. С первых минут ценитель азарта благодаря усилиям разработчиков почувствует на себе влияние обворожительной атмосферы, царящей на территории тропического острова. Этому способствовало графическое оформление поля с преобладанием теплых солнечных оттенков.
3. Ритмичная мелодия напоминает звуки гармоники и удары по африканскому бубну.
4. Фоновая иллюстрация — тропический пейзаж. Поле укрыто горячим песком, тенистыми пальмовыми деревьями и морскими пенистыми волнами.
5. Big Break предлагает познакомиться с обитателями экзотического острова, которые участвуют в выстраивании успешных последовательностей.  На активной дорожке участнику могут повстречаться гориллы, лемуры, мартышки, павианы, бабуины и наборы фруктов.

 

Символы

 

Обезьянки отчаянно рассекают по активным волнам, собираясь в непрерывные пяти звеньевые подборки. После выстраивания на линии представителей всех видов островной фауны открывается бонусный уровень surfs up, перемещение на который предусматривает увеличение дохода в пятьдесят раз.

Онлайн казино Goldfishka — зеркало рабочее на goldfishka44.xyz/zerkalo

Рейтинг клуба:

2547 довольных игрока

Регистрируйся прямо сейчас и получи бонусы на счет!

В сети Интернет большой популярностью пользуется онлайн казино Goldfishka. Этот клуб имеет лучшую репутацию и предлагает игрокам самый большой ассортимент игровых автоматы. Несмотря на то, что клуб получил лицензию, некоторые провайдеры все же могут подвергать сайт блокировке. Для обхода блокировки клуб предлагает использовать зеркало рабочее Goldfishka — сайт https://goldfishka44.xyz/zerkalo/. Дублирующий сайт называется — зеркало и даёт возможность продолжать игру несмотря на сложившуюся ситуацию.

Преимущества зеркала очевидны, так как с его помощью можно не только не прерывать свою игру, но и продолжать активное участие в азартных развлечениях.

Особенности зеркала Goldfishka

Рабочее онлайн зеркало клуба Голдфишка принимает на своем портале всех игроку клуба. Вход на сайт выполняется по активной ссылке, нередко переход совершается в автоматическом режиме.
— Игрок заходя на сайт, может воспользоваться своими паролем и логином для входа в персональный профиль. Все данные и счета игроков сохраняются в полном объеме. Каждый новый игрок на зеркале имеет возможность пройти регистрацию и создать в клубе свой аккаунт.

Регистрация занимает две, три минуты и не требует от игрока больших усилий. Как только процесс создания профиля будет завершен, игрок может переходить в платный формат игры.
— На зеркале находятся игровые автоматы, которые входят в коллекцию казино Голдфишка. Все игры являются качественными, лицензионными и сертифицированными. Перед загрузкой на сайт софт проходит множественные проверки. Разнообразие игровых автоматов порадует даже самого искушенного геймера.
— Операции с деньгами на зеркале клуба Goldfishka проходят под контролем официальных платежных систем. Счет геймера изначально привязан к общей системе финансовых компаний. При выполнении депозитов игрок может самостоятельно выбирать себе подходящую платежную систему или интернет – банкинг.
— Главным преимуществом дополнительного сайта является его надежность и безопасность. На сайте круглосуточно работает служба технической поддержки, она быстро и качественно решает проблемы на портале.
— Бонусная программа онлайн зеркала Goldfishka является точной копией клиентской программы клуба. Все акции и интересные мероприятия сохранены и позволяют игрокам вносить разнообразие в игровой процесс.

Играть на зеркале goldfishka.com.ru выгодно, безопасно и надежно.

Рейтинг клуба:

2825 довольных игрока

Услуги казино Голдфишка

Игровая площадка https://goldfishka44.xyz/ привлекает внимание пользователей эффектным стилем и практичной структурой, работая уже некоторое время. Качественное программное обеспечение предусматривает исправный доступ к ресурсу с применением мобильного устройства или компьютера. Вам гарантирована полная конфиденциальность и анонимность. Предоставляем подробный анализ игровой площадки, включая коллекцию слотов и режимы гейминга.

Создание аккаунта в в онлайн-казино

На портале Голдфишка предлагается простой процесс открытия учетки. Пользователю следует указать в регистрационной форме защитную последовательность символов, телефон, e-mail. К тому же вы можете подтвердить предоставление спецпредложений.

В соответствии с правилами лишь посетители, ставшие совершеннолетними, смогут провести регистрацию. Учитывайте, что заполнять нужно только реальную информацию.

По окончанию создания аккаунта понадобится сделать взнос, это откроет возможность играть в игровые автоматы на деньги. Предлагается довольно большой выбор безопасных платежных методов, к примеру, Payeer, Beeline, Webmoney, Mastercard и многие другие. Достаточно обозначить отвечающий требованиям вариант, а затем вписать реквизиты своего кошелька или карты и необходимую сумму пополнения, средства начислятся на баланс безотлагательно.

Виртуальные симуляторы в Голдфишка и их специфика

В большинстве случаев востребованными разновидностями гейминга являются автоматы. На игровом портале Goldfishka размещается огромное количество достойных игр от топовых изготовителей, как то:

Вам предлагается выбрать традиционные или современные разработки, гарантируется и большой ассортимент тематик – приключения (Sweet Life), подводный мир (Great Blue). Требуется просмотреть определяющие черты, к которым относится вайлды и скаттеры, дополнительные раунды, число катушек и линий и другое.

Помимо автоматов, на сайте Голдфишка имеются виртуальные симуляторы баккары покера блэкджека и рулетки: Texas Holdem, Caribbean Poker, Europpean Roulette. Теоретический возврат ставок достигает не менее 96%, из-за этого вероятность выигрыша довольно велика.

Бонусные предложения виртуального казино Goldfishka

Зарегистрировавшись на игровой площадке Голдфишка, вы можете для увлекательного и выгодного времяпровождения получать разные специальные предложения. Особого внимания заработал бездепозитный бонус, потому как он активируется без пополнения счета, необходимо просто доказать правдивость электронной почты и номера телефона. Существует еще несколько методов активации бездепозитного бонуса, например, привод друзей, переход на очередной VIP-статус, комменты в социальных сетях и т.д. Помимо того, вы сможете получать презенты за внесение депозитов, благодаря этому азартный отдых принесет море позитива и крупные выигрыши. Предусмотрены различные виды подарков, среди них бесплатные прокрутки, они позволяют запускать азартные игры без риска для личных средств.

Подбирая лучшее интернет-казино, нужно рассматривать все черты, а именно перечень игр, степень честности, наличие бонусов. Интернет-казино Goldfishka заслуженно выступает идеальным выбором для любой разновидности пользователей. Каждый сможет перепроверить это на практике, совершив регистрацию в системе. Чтобы досуг подарил только позитивные эмоции, требуется изучить пользовательское соглашение клуба. В случае, если будут любые затруднения, советуем написать в поддержку игроков, операторы отвечают на вопросы круглосуточно.

 

Здесь можно найти актуальное зеркало Голдфишка казино

Возможности различных современных игровых клубов можно назвать просто поразительными — даже самые требовательные пользователи обязательно получат от игры только удовольствие. Одним из лучших проектов сегодня является казино Голдфишка, ведь именно его специалисты использовали все возможности для того, чтобы игра была максимально комфортной и увлекательной для всех пользователей. К примеру, именно здесь удалось действительно хорошо справиться с проблемой блокировок, которая ограничивает доступ ко множеству различных сайтов. Теперь есть возможность в любой момент присоединиться к игре на сайте https://goldfishka44.xyz/zerkalo/ — для этого достаточно лишь желания.

Обход блокировок

Так каким же образом можно сделать так, что возможные блокировки казино Голдфишка просто не будут вас больше касаться:

• специально для того, чтобы игра продолжалась без ограничений, есть возможность воспользоваться специальным зеркалом официального сайта. Именно этот способ оказался поразительно эффективным и подходящим;
• зеркало сайта — это копия оригинальной страницы, которая будет расположена в интернете по другому адресу. Это значит, что можно будет оказаться на вроде бы том же самом сайте, но он не будет заблокирован;
• несмотря на тот факт, что это не единственный способ обхода блокировок, именно этот оказался наиболее подходящим и удобным. Множество пользователей уже воспользовались возможностью обойти блокировки таким способом и они оказались очень довольны принятым решением — играть теперь максимально комфортно и удобно;
• зеркальные копии оригинальных сайтов работают стабильно, у них не ограничен функционал — пользователям доступно огромное число слотов на выбор, возможность получать разнообразные бонусы и в целом играть гораздо более выгодно — не упустите возможность это сделать.

Выгодная игра в слоты

Помимо возможности просто начать играть в слоты, используя актуальное зеркало Голдфишка казино, обратите внимание на то, что это может быть максимально выгодным занятием. Пользователям необходимо более ответственно подойти к игре и тогда казино Голдфишка сможет стать источником существенных доходов — это будет максимально интересно для всех пользователей. Конечно же, возможность получить реальный доход в таком случае будет зависеть только от прикладываемых пользователями усилий. Всё-таки играть нужно более ответственно и внимательно — тогда можно будет рассчитывать на рост доходов. У всех пользователей есть возможность зарабатывать при помощи игры в слоты — приложите к этому больше усилий.

Особенности туров на озеро Байкал с goldfishka44.xyz официальный сайт Голдфишка казино » Турпортал Байкал и Восточная Сибирь

Если Вы обнаружили опечатку, ошибку или неточность, сообщите нам — выделите ее и нажмите Ctrl + Enter

Есть две основные причины для посещения Байкала — это наслаждение природными пейзажами, уникальная возможность искупаться в чистых водах озера, а также весело провести время на https://goldfishka44. xyz/bet/ официальный сайт Голдфишка казино. Отдых в этих местах является лечебным, он положительно сказывается на физическом самочувствии и ментальном состоянии туристов, помогает избавиться от чрезмерного стресса и перенапряжения.

Времяпрепровождение на Байкале отличается высоким комфортом. Здесь можно найти все самые необходимые для современного путешественника вещи — интернет с казино Голдфишка на goldfishka44.xyz, кафе, дома отдыха и отели. На озере всегда тихо и спокойно, это идеальный вариант для семейного отдыха в компании детей и родителей. Такой тур пойдет на пользу всем членам семьи.

Как использовать игровые автоматы казино Голдфишка от goldfishka44.xyz?

Если человек уже был на Байкале, то он знает, что во время поездки необходимо проделать довольно большой путь до озера, который занимает многие часы. Также, в вечернее время здесь практически нечем заняться, поэтому отдыхающим стоит заблаговременно позаботиться о развлечениях.

В качестве самого востребованного варианта можно назвать онлайн-автоматы goldfishka44. xyz. Азартные игры позволяют сконцентрироваться на увлекательном процессе, поэтому время в таких случаях пролетает совершенно незаметно. Сейчас все игровые аппараты казино Голдфишка доступны в виртуальном режиме. Туристу нужно лишь взять с собой мобильное устройство (смартфон, ноутбук, планшет), а также позаботиться о подключении к интернету.

У online-автоматов казино Голдфишка есть целый ряд неоспоримых достоинств, например:

• Доступность для широкой аудитории — каждый новичок сможет без проблем разобраться в интерфейсе виртуального клуба.
  
• Гарантия безопасности — сервис обеспечивает своим игрокам полную защиту от мошенничества и неприятных ситуаций.
  
• Прозрачные условия — все правила работают для всех участников системы, создавая абсолютно равные условия.
  

Начать знакомиться с игровыми аппаратами goldfishka44.xyz можно уже по дороге на Байкал. Азартные развлечения помогут скоротать самые скучные часы в пути, разбавив их интересным и увлекательным занятием.

По материалам информационных агентств Восточной Сибири от 21 августа 2020

Goldfishka онлайн казино — Anti-Malware.ru

Онлайн-казино Goldfishka  открылось еще в 2005 году, данное игровое заведение было создано специально для русскоязычных игроков, что у него получилось на пять с плюсом и на сегодняшний день онлайн-казино Goldfishka является одним из самых лучших казино русского рынка.
Ну, а используя программное обеспечение от Globo Technologies у казино открываются, можно сказать, безграничные возможности и игры становятся небывало красивыми, комфортными и что также очень важно интересными.
К тому же так же существует многопользовательский режим, который никогда не позволит игрокам скучать, а и добавит общения и лишнего ажиотажа. Поэтому, вам не остается другого выхода, чем расслабится у себя дома за чашечкой кофе, скачать нужное обеспечение, что занимает всего пару минут и погрузится в красивый и увлекательный мир азартных развлечений и игр, что не только оставят у вас массу приятных впечатлений, но и дадут шанс выиграть и разбогатеть.
Разнообразные призы в виде Бонус-Кулонов
Онлайн-казино Goldfishka также предлагает своим игрокам опробовать свои силы, не внося деньги и на эту пробную игру нет никаких ограничений, выбирайте какая вам больше всего нравится, играйте в нее, изучайте, придумывайте эффективную стратегию игры, а потом при желании делайте первый депозит и забирайте свой выигрыш.
Данное игровое заведение славится честностью своих автоматов, которую вы собственноручно можете в любой момент проверить. Но вам это может даже не понадобится ведь частые выигрыши сами по себе не дадут вам ни в чем сомневаться.
Давайте рассмотрим бонусную политику, которую нам предлагает онлайн казино Goldfishka, которая довольно разнообразна и заманчива по сравнению с другими игровыми заведениями.
Каждый новый игрок получает 100$ и этот бонус дается сразу же после регистрации, так что воспользуйтесь этим шансом опробовать игровые автоматы. А если вы довольно опытный игрок, то вам ничего не мешает превратить эти бонусы в реальные деньги и попытаться снять, только стоит помнить о правиле снятия бонусов, то есть их нужно несколько раз прокрутить, прежде чем снимать. В противном случае, они попросту сгорят. Кроме этого на первый депозит свыше 100$ вы сразу же получаете 20$ дополнительно.
 

Через какие сервисы можно пополнить счёт в интернет казино Голдфишка

Comment are off

Рейтинг клуба:

2490 довольных игрока

Регистрируйся прямо сейчас и получи бонусы на счет!

Сейчас широко распространены бесплатные варианты игр в казино Голдфишка: goldfishka100.net. Разработчики внедряют их для игроков, желающих сначала научиться управлять слотами, а потом уже играть ради удовольствия. Их называют демонстрационными режимами. От платной игры они отличаются только тем, что клиент ничего не выиграет и не проигрывает.

Многие геймеры, изучив таким образом игру, так и продолжают развлекаться на ней. Но если кто-то решит играть на деньги, перед ним встанет задача пополнения своего счёта. Как её решить?

Что нужно учесть перед выбором системы пополнения счёта в казино Голдфишка

Сейчас нет никаких затруднений с переводом денег на любой счёт. Но перед тем, как отдать свои сбережения на игровую площадку, стоит твёрдо убедиться в том, что потеря этой суммы не будет иметь для клиента катастрофических последствий. Ведь там проигрывает подавляющее большинство клиентов, а выигрыш достаётся лишь единицам.

Возможности платёжных систем широкие, что позволяет подбирать способы пополнения «под себя» каждому игроку. В это понятие входит:

• Функционал системы.
• Размеры комиссионных процентов.
• Удобства пополнения.
• Уровни развития системы.
• Какие системы оплаты игровых автоматов сотрудничают с игровыми площадками.

Взвесив все «за» и «против», игроки прибегают к услугам разных систем:

Webmoney. В России это одна из популярнейших систем. Комиссия за перевод берётся небольшая, понятный интерфейс. Наличие мобильных приложений и возможность обращения через браузер позволяет работать с ней с разных устройств. Есть возможность использовать различную валюту — доллары, рубли, евро, и прочие. Обмен денег и вывод можно делать внутри сервиса.

QIWI. С этим сервисом налажена деятельность практически у всех казино. Самым большим плюсом является то, что привязать кошелёк можно к своему телефону. Это означает лёгкое и быстрое осуществление платежей. Работают мобильная версия и ресурс для компьютеров.

Яндекс Деньги. Это платёжная система от Яндекса. На ней можно создавать кошельки под разные валюты. Предоставляет пластиковую карту с привязкой к кошельку. Поток финансов в казино Голдфишка идёт через браузер, либо мобильное приложение. Яндекс Деньги даёт возможность оплаты разных услуг. Таким образом, если клиенту всё-таки выпадет какой-то выигрыш, его можно здесь же и использовать.

Оплата за игровые автоматы принимается и через карты Visa, MasterCard.

Рейтинг клуба:

2738 довольных игрока

31.01.2020 23:44

Джордж, старейшая золотая рыбка Великобритании, умирает в возрасте 44 лет.

год.

Самая старая золотая рыбка Великобритании умерла в возрасте 44 лет.

75-летний Кит Эллис выиграл Джорджа и Фреда на ярмарке в 1974 году и подарил их своей тогдашней 18-летней подруге Мэри.

Обе рыбы прожили достаточно долго, чтобы увидеть, как пара поженилась, переехала в свой первый дом и родила дочь Эмму.

Фред и Джордж прожили более четырех десятилетий (фото: SWNS). Он выиграл Джорджа и Фреда на ярмарке (фото: SWNS)

Но, к сожалению, Фред скончался два года назад в возрасте 42 лет.

Бывшая управляющая банка Мэри, сейчас 62 года, сказала, что Джордж начал падать после потери своего лучшего друга.

Более 30 000 женщин сообщают о «кратковременном» нарушении периода после укола Covid

Она сказала: «Я в слезах позвонила своей дочери Эмме. Спустя столько лет он стал частью семьи.

«Он изо всех сил пытался плавать около месяца и стал другим после смерти Фреда».

Она и ее муж начали думать, что Джордж переживет их обоих, добавив, что секрет старости рыбы заключается в «регулярных физических упражнениях, диете из хлопьев золотой рыбки и регулярной подмене воды».

Мэри сказала, что плакала, когда умер Джордж (фото: SWNS.COM) Пара получила рыбу в 1974 году. (Изображение: SWNS.com)

«Они были маленькими знаменитостями в нашем сообществе, люди говорили нам:« У вас самая старая золотая рыбка в Британии и, возможно, в мире », — сказала она.

Инженер на пенсии Кейт из Вустера сказал: «Я знаю, это звучит нелепо, но они мои лучшие друзья, поэтому я очень рад за них.

Более 30 000 женщин сообщают о «кратковременном» нарушении периода после укола Covid

«Мы часто ездим в отпуск в Девон, но я никогда не могу долго находиться вдали от своих детей, поэтому мне нужно ехать обратно примерно через неделю.

«Они все еще такие же здоровые и активные, какими были, когда мы их впервые приобрели — никто не может поверить, сколько им лет.

«Сначала у нас был небольшой кишечник для них, но через год мы переросли в квадратный резервуар шириной три фута.

RIP Фред и Джордж (Изображение: SWNS.COM)

«Всего они прошли через семь кишечников, но мы всегда наполняем их только водопроводной водой. Секрет в том, чтобы их регулярно кормить и показывать им много суеты ».

Со временем Джордж терял все больше и больше своего цвета и почти полностью был серебряным, когда умер.

Золотые рыбки обычно живут от пяти до 10 лет.

Эксперты говорят, что покупка большого аквариума, увеличение диффузии кислорода в воде и создание интересного пейзажа для вашей рыбы может помочь продлить ее жизнь.

Получите всю необходимую информацию последние новости, приятные истории, аналитика и многое другое

Нежелательные домашние животные: Гигантская золотая рыбка появилась в водах Миннесоты | KWKT

Размещено: 13 июля 2021 г. / 07:35 CDT / Обновлено: 13 июля 2021 г. / 11:47 CDT

На этом изображении предоставлено городом Бернсвилл, Миннесота., большая золотая рыбка, пойманная в озере Келлер во время исследования качества воды, проводится в пятницу, 2 июля 2021 года. Официальные лица в Миннесоте говорят, что они находят больше гигантских золотых рыбок в водных путях, что побудило граждан прекратить незаконный сброс нежелательной рыбы в воду. пруды и озера. Золотая рыбка, которая может вырасти до размера футбольного мяча, конкурирует с местными видами за пищу и увеличивает количество водорослей в озерах. (Город Бернсвилл через AP)

БЕРНСВИЛЛ, Миннесота (AP) — Официальные лица в Миннесоте заявили, что они обнаруживают все больше гигантских золотых рыбок в водных путях, что побудило граждан прекратить незаконный сброс нежелательной рыбы в пруды и озера.

Золотая рыбка, которая может вырасти до размера футбольного мяча, конкурирует с местными видами за пищу и увеличивает количество водорослей в озерах. В начале этого месяца официальные лица в пригороде Бернсвилла городов-побратимов обнаружили 10 рыб в озере Келлер, проводя обследование качества воды.

В понедельник было обнаружено 18 дополнительных рыб. Некоторые были 18 дюймов (46 сантиметров) в длину и весили около 4 фунтов (1,8 кг).

«Пожалуйста, не выпускайте золотых рыбок в пруды и озера!» город сказал в твиттере.«Они вырастают больше, чем вы думаете, и способствуют ухудшению качества воды, вымывая донные отложения и выкорчевывая растения».

Должностные лица Бернсвилла работали с Carp Solutions, начинающей компанией, которая разрабатывает новые технологии для борьбы с карпом, более крупным родственником золотой рыбки.

Компания использует для ловли рыбы электроловок с лодки, — сказал основатель компании Прземек Байер. Провода наэлектризовывают воду, и оглушенная рыба всплывает на поверхность, чтобы ее можно было поймать в сеть и измерить.

В Бернсвилле рыба была окончательно убита.

Золотая рыбка и карп могут выжить в замерзших озерах и озерах с очень плохим качеством воды, поскольку они могут жить без кислорода в течение длительного времени, сообщает Star Tribune. Они также появляются в более здоровых озерах.

«Я думаю, что они становятся все более и более распространенными», — сказал Байер.

Установление кишечной микрофлоры в развитии золотой рыбки (Carassius auratus) в культуральных прудах на JSTOR

Абстрактный

Бактериальная флора кишечного тракта золотой рыбки (Carassius auratus) исследована на разных стадиях развития рыб.{8} $ кл. Г-1 сырой массы. Виды Aeromonas hydrophila, A. punctata, Pseudomonas, Bacteroidaceae и Clostridium были обычными компонентами в кишечном тракте золотой рыбки от личинки до взрослой стадии. Bacteroides типа A появились на 44 день с плотностью 103 клеток г-1, а затем преобладали с плотностями 105-107 клеток г-1. Микрофлора кишечника золотой рыбки становится относительно стабильной через 67 дней после вылупления. Эти наблюдения предполагают, что кишечная микрофлора взрослых золотых рыбок устанавливается примерно через 2 месяца после вылупления.

Информация о журнале

Экология микробов лежит в основе функционирования почти каждой экосистемы на планете, от глубоководных жерл и подземных систем до благополучия людей и животных; от первозданной морской и наземной среды до функционирования промышленных биореакторов. Microbial Ecology представляет собой специализированный международный форум для презентации высококачественных научных исследований того, как микроорганизмы взаимодействуют со своей биотической и абиотической средой, друг с другом, а также со своими соседями и хозяевами для выполнения своих разнообразных функций.Microbial Ecology предлагает статьи об оригинальных исследованиях в формате полной бумаги и заметок, а также краткие обзоры и актуальные программные документы. Охват включает экологию микроорганизмов в естественной и искусственно созданной среде; геномные и молекулярные достижения в понимании микробных взаимодействий и филогении; микробные драйверы биогеохимических процессов; меж- и внутривидовая микробная коммуникация; экологические исследования микробиологии и болезней животных, растений и насекомых; микробные процессы и взаимодействия в экстремальных или необычных условиях; микробное население и экология сообществ и многое другое.

Информация об издателе

Springer — одна из ведущих международных научных издательских компаний, издающая более 1200 журналов и более 3000 новых книг ежегодно, охватывающих широкий круг предметов, включая биомедицину и науки о жизни, клиническую медицину, физика, инженерия, математика, компьютерные науки и экономика.

% PDF-1.5 % 1 0 объект > / OCGs [7 0 R] >> / Страницы 2 0 R / Тип / Каталог >> эндобдж 112 0 объект > / Шрифт >>> / Поля [] >> эндобдж 116 0 объект > поток 2021-09-16T15: 43: 23-07: 002006-09-30T10: 11: 48 + 08: 002021-09-16T15: 43: 23-07: 00uuid: 2d67a82c-9888-43f7-9331-a242efbd5ccduuid: 21628f1e- 1dd2-11b2-0a00-bf0038e9d5ffapplication / pdf конечный поток эндобдж 2 0 obj > эндобдж 70 0 объект > эндобдж 96 0 объект > эндобдж 69 0 объект > эндобдж 29 0 объект > / Ресурсы> / Шрифт> / T1_1> / T1_2 120 0 R >> / ProcSet [/ PDF / Text / ImageB] / Свойства> / XObject >>> / Type / Page >> эндобдж 23 0 объект > / Font> / T1_1 120 0 R >> / ProcSet [/ PDF / Text / ImageB / ImageC] / Properties> / XObject >>> / Type / Page >> эндобдж 18 0 объект > / Font> / T1_1 120 0 R >> / ProcSet [/ PDF / Text / ImageB] / Properties> / XObject >>> / Type / Page >> эндобдж 12 0 объект > / Font> / T1_1> / T1_2> / T1_3> / T1_4> / T1_5 120 0 R >> / ProcSet [/ PDF / Text / ImageB / ImageC] / Properties> / XObject >>> / Type / Page >> эндобдж 5 0 obj > / Font> / T1_1> / T1_2 120 0 R >> / ProcSet [/ PDF / Text / ImageB] / Properties> / XObject >>> / Type / Page >> эндобдж 117 0 объект > / ProcSet [/ PDF / Text / ImageC] / XObject >>> / Type / Page >> эндобдж 129 0 объект [135 0 R 136 0 R 137 0 R 138 0 R 139 0 R] эндобдж 130 0 объект > поток q 540.0594177 0 0 68.6011963 35.9702911 675.3988037 см / Im0 Do Q BT / T1_0 1 Тс 10 0 0 10 85,56995 594,99988 тм (1952; 12: 890-899.) Tj / T1_1 1 Тс -5.55699 0 Тд (Рак Res \ 240) Tj / T1_0 1 Тс 0 1 ТД (\ 240) Tj 0 1.00001 TD (Ханс Г. Шлюмберже) Tj / T1_2 1 Тс 0 1 ТД (\ 240) Tj / T1_3 1 Тс 18 0 0 18 30 635 тм (Опухоли нервной оболочки в изолированной популяции золотых рыбок) Tj ET 30 540 552 35 рэ 0 0 мес. S BT / T1_0 1 Тс 11 0 0 11 120.94202 547.99997 тм (\ 240) Tj / T1_3 1 Тс -7,55696 1 тд (Обновленная версия) Tj ET BT / T1_2 1 Тс 10 0 0 10 141 539.99994 Тм (\ 240) Tj / T1_0 1 Тс 22,62295 1 тд () Tj 0 0 1 рг -22.62295 0 Тд (http://cancerres.aacrjournals.org/content/12/12/890)Tj 0 г 0 1.00001 TD (См. Самую последнюю версию этой статьи по адресу:) Tj ET BT / T1_2 1 Тс 10 0 0 10 30 519,99997 тм (\ 240) Tj 0 1 ТД (\ 240) Tj ET BT / T1_2 1 Тс 10 0 0 10 30 499,99997 тм (\ 240) Tj Т * (\ 240) Tj ET BT / T1_2 1 Тс 10 0 0 10 30 479,99997 тм (\ 240) Tj Т * (\ 240) Tj ET 30 365 552 115 рэ 0 0 мес. S BT / T1_0 1 Тс 11 0 0 11 120.94202 447.99997 тм (\ 240) Tj / T1_3 1 Тс -5.66901 1 тд (Оповещения по электронной почте) Tj ET BT / T1_0 1 Тс 10 0 0 10 295,4996 460 тм (относится к этой статье или журналу.) Tj 0 0 1 рг -15.44996 0 Тд (Зарегистрируйтесь, чтобы получать бесплатные уведомления по электронной почте) Tj ET BT 0 г / T1_0 1 Тс 11 0 0 11 120,94202 414,99994 тм (\ 240) Tj / T1_3 1 Тс -6.38997 1 тд (Подписки) Tj 0,556 1,00001 тд (Отпечатки и) Tj ET BT / T1_0 1 Тс 10 0 0 10 141 417,99994 тм (\ 240) Tj 13,46496 1 тд (.) Tj 0 0 1 рг -6.85098 0 Тд ([email protected]) Tj 0 г -6.61398 0 Тд (Отделение) Tj 0 1.00001 TD (Чтобы заказать перепечатку статьи или подписаться на журнал, свяжитесь с нами \ t Публикации AACR) Tj ET BT / T1_0 1 Тс 11 0 0 11 120.94202 392,99997 тм (\ 240) Tj / T1_3 1 Тс -5.66901 1 тд (Разрешения) Tj ET BT / T1_0 1 Тс 10 0 0 10 141 364,99988 тм (\ 240) Tj 0 1 ТД (Сайт с правами.) Tj 0 1.00001 TD (Нажмите «Запросить разрешения», чтобы перейти на страницу защиты авторских прав \ Центр раннса \ (CCC \)) Tj 22,62295 1 тд (.) Tj 0 0 1 рг -22.62295 0 Тд (http://cancerres.aacrjournals.org/content/12/12/890)Tj 0 г 0 1 ТД (Чтобы запросить разрешение на повторное использование всей или части этой статьи, используйте это li \ nk) Tj ET BT / T1_0 1 Тс 9 0 0 9 283,24257 1.\ q

Инвазивная золотая рыбка размером с футбольный мяч, найденная в озере Миннесота

Дэвид Уильямс, CNN

(CNN) — Крошечная золотая рыбка, которую вы можете подобрать в зоомагазине за несколько центов, может не выглядеть как экологическая угроза, но они могут перерасти в огромную проблему, если освободить ее в озерах или прудах. — главным образом потому, что они могут вырасти до удивительно огромных размеров.

Бернсвилл, штат Миннесота, расположенный к югу от Миннеаполиса, привлек внимание вирусов к этой глобальной проблеме, разместив в социальных сетях фотографии некоторых громад, пойманных во время продолжающегося исследования рыб в озере Келлер. Город призвал жителей не выпускать ненужных домашних рыбок.

Они поймали 10 золотых рыбок на прошлой неделе и еще 18 на этой неделе — каждая была больше фута в длину, самая большая из которых была 15 дюймов в длину и весила около четырех фунтов.

Специалист по природным ресурсам Бернсвилля Калеб Эшлинг сказал CNN, что город сотрудничал с соседней долиной Apple и компанией Carp Solutions, чтобы узнать, сколько золотых рыбок в озере.

«У нас были сообщения от жителей о том, что на озере становятся все более и более крупные группы золотых рыбок», — сказал Эшлинг. «Люди видели их с берега, или, если они плыли на байдарках, они могли бы мельком увидеть их, когда они были в лодке».

Он сказал, что некоторые из рыб были размером с футбольный мяч.

Я знал, что они довольно хорошего размера, просто из некоторой предыдущей информации, но даже зная это, было немного удивительно, насколько гигантскими были некоторые из этих рыб », — сказал Эшлинг.«Так что это довольно большие золотые рыбки, а не те, к которым вы привыкли, если привыкли видеть золотых рыбок в зоомагазинах».

Золотая рыбка коренится на дне озер и прудов в поисках пищи, которая взбалтывает отложения и может выкорчевывать растения. Это может повлиять на качество воды и разнообразие местных видов, когда золотая рыбка приживется, сказал владелец Carp Solutions Прземек Байер, доцент-исследователь в Университете Миннесоты.

«Часто они не едят водные растения, но растения просто не могут пустить корни в этих озерах, они просто выкорчеваны физически», — сказал Баджер.«Так что, если в озере много золотых рыбок и карпа, обычно первое, что происходит, — исчезают все водные растения».

Рыба также поглощает питательные вещества, осевшие на дне, и их отходы, которые могут способствовать цветению водорослей, которые «превращают чистые озера в зеленые озера».

Золотые рыбки родом из Китая и Восточной Азии, они путешествовали по миру благодаря своей популярности в качестве домашних животных и декоративных рыб.

Геологическая служба США сообщает, что они были обнаружены или зарегистрированы в каждом штате США, кроме Аляски, где в 2019 году из пруда в Анкоридже была уничтожена популяция незаконно завезенных золотых рыбок.

«Все золотые рыбки являются инвазивными, в основном во всем мире», — сказал Байер. «Во всей Северной Америке, Австралии, некоторых частях Европы они действительно, очень широко распространены».

По словам Байера, они тесно связаны с обычным карпом, который является еще одним инвазивным неместным видом.

«Скорее всего, кто-то только что выпустил их, но они также могут воспроизводиться в дикой природе», — сказал Байер. «Мы не знаем, были ли эти особи выпущены кем-то, или они были выведены в озере от родителей, которые, возможно, были кем-то завезены.«

Баджерс сказал, что золотая рыбка должна была пробыть в воде несколько лет, чтобы достичь такого размера.

Он сказал, что на следующей неделе они соберут несколько рыб для тестирования во время исследования и смогут точно сказать, сколько им лет. взглянув на внутреннюю кость уха с кольцами роста, похожими на дерево, которые можно увидеть под микроскопом.

Эшлинг сказал, что они много работали над улучшением качества воды в озере Келлер, и сообщества хотят защитить свои инвестиции.Он сказал, что города решат, что делать дальше, как только Carp Solutions завершит оценку количества золотых рыбок в озере.

«Мы знаем, что золотая рыбка в озере — это нехорошо, но в некоторых ситуациях золотая рыбка может быть в озере и не вызывать много серьезных проблем, но в правильном озере и в правильных условиях они могут вызвать много». проблем », — сказал Эшлинг. «Итак, мы все еще пытаемся выяснить, какова наша ситуация на озере Келлер.

Байер сказал, что золотая рыбка и карп всеядны и действительно любят семена, что немного необычно для рыб в Северной Америке.Он сказал, что они могут наживать определенные участки озера треснувшей кукурузой, чтобы привлечь золотых рыбок, а затем собирать их в специальные сети, не нарушая при этом местную рыбу.

«Поскольку золотые рыбки умны, они могут быстро узнать, где находится еда, а также потому, что они социальные животные. Как только некоторые из них узнают о еде, эта информация проходит через остальную часть населения».

Эшлинг надеется, что внимание, которое привлекла рыба, побудит жителей найти лучший дом для своих нежелательных домашних животных, чем озеро Келлер.

«Похоже, что многие люди не осознают, насколько большими они могут стать, и некоторые из этих ситуаций, и что есть некоторые непредвиденные экологические последствия для выпуска золотой рыбки или других видов домашних животных в дикую природу», — он сказал.

Выбрасывать золотых рыбок в дикую природу в Миннесоте и многих других штатах незаконно.

Служба рыбной ловли и дикой природы США сообщила, что некоторые зоомагазины будут принимать нежелательную рыбу, и что друзья, родственники, аквариумные клубы, школы или дома престарелых могут захотеть их усыновить.

The-CNN-Wire
™ и © 2021 Cable News Network, Inc., компания WarnerMedia. Все права защищены.

Эволюционное происхождение и история приручения золотой рыбки (Carassius auratus)

Золотая рыбка ( Carassius auratus ) была одомашнена в Древнем Китае из карася (оба до сих пор считаются одним видом) (1⇓ – 3), который является одним из самая важная рыба, выращиваемая на фермах, с мировым производством аквакультуры 3.096 млн тонн карася в 2018 г. (4). Появление красной чешуи у обычно серого или серебристого карася было впервые зарегистрировано во времена китайской династии Цзинь (265–420 гг. Н.э.) (3). Во времена династии Тан (с 618 по 907 год нашей эры) золотых рыбок с предпочтительными фенотипами отбирали для выращивания в декоративных прудах и водных садах (5). Во времена династии Сун (с 960 по 1279 год нашей эры) золотая (желтая) разновидность золотых рыбок была символом императорской семьи, а золотая рыбка стала известна как «королевская рыба», в то время как простым людям было запрещено выращивать этих желтых золотых рыбок (5).Золотая рыбка была завезена в Японию (6) и Европу в начале 17 века (7) и завезена в Северную Америку около 1850 года, где быстро стала популярной (8).

Поскольку золотая рыбка может производить тысячи яиц и десятки этих мелких рыбок могут быть выращены в одном и том же пруду, 1000 лет одомашнивания характеризовались сильным искусственным отбором. Описывая золотую рыбку, Чарльз Дарвин однажды написал: «Преодолевая почти бесконечное разнообразие цветов, мы встречаемся с самыми необычными модификациями структуры» (9), подчеркивая, что золотые рыбки представляют собой богатый ресурс для исследования генетики разнообразных морфологических особенностей.Изучение изменчивости при одомашнивании у золотых рыбок дало Дарвину идею естественного или искусственного отбора как движущей силы эволюции (9). Более века назад Уильям Бейтсон также считал золотых рыбок многообещающим материалом для изучения биологических вариаций (10). Используя генетические запасы популяций золотых рыбок, Шисан Чен стал пионером в изучении современной генетики в Китае (11) и представил первые примеры признаков, демонстрирующих менделевское наследование у золотых рыбок, включая признаки прозрачности и пятнистости (12).

После более чем 1000 лет приручения и размножения существуют сотни вариантов формы тела, конфигурации плавников, типа глаз и окраски, что делает золотую рыбку отличной системой генетической модели для физиологии и эволюции рыб. Золотая рыбка также использовалась в качестве модели для менделевской генетики и биологических вариаций до развития системы рыбок данио. В этом исследовании, чтобы систематически понять эти и другие явления у золотых рыбок, мы создали высококачественный эталонный геном для обычных золотых рыбок и повторно секвенировали большую коллекцию из 185 репрезентативных разновидностей золотых рыбок, охватывающих основные классификационные группы и известные декоративные линии, а также 16 особей дикого карася, чтобы получить представление о геноме эволюции, приручения и генетических основ искусственного отбора золотых рыбок.

Результаты

Секвенирование, сборка и аннотации генома.

С помощью проточной цитометрии мы оценили размер генома инбредной линии 12-го поколения самок обыкновенной золотой рыбки (G-12) в 1,8 гигабаз (Гб). Приблизительно 140 Гб данных последовательностей, сгенерированных с использованием платформы PacBio RS II ( SI Приложение , Таблица S1), были собраны с использованием Canu (13) и обработаны гигабазами последовательностей с парными концами Illumina, что дало начальную черновую сборку 1,657 Гб с контигом. N50 474 килобаз (кб) ( SI, приложение , таблица S2).Мы сгенерировали еще 1 050 985 молекул ДНК BioNano размером> 150 т.п.н. для дальнейшей корректировки указанной выше сборки генома ( SI Приложение , Таблица S3). Конечная сборка с использованием подхода BioNano охватывала 1,73 ГБ с каркасом N50 размером 606 т.п.н. (Таблица 1 и приложение SI, приложение , таблица S2 и рис. S1).

Таблица 1.

Статистика сборки генома C. auratus

Всего было произведено 480 миллионов считываний по 150 пар оснований (п.н.) из трех высокопроизводительных библиотек захвата конформации хроматина (Hi-C) и однозначно картированных на черновик сборки контигов с использованием ALLHiC (14, 15) с последующей ручной корректировкой ( SI Приложение , Таблица S4).Приблизительно 99,30% (1727,09 мегабаз [МБ]) собранных последовательностей были заякорены на 50 псевдохромосомах (каркас N50 31,84 МБ), а 95,75% (1 653,62 МБ) были ориентированы и упорядочены ( SI Приложение , Таблица S5 и Рис. S2 ). Чтобы проверить сборку Hi-C, генетическая карта карася с 8487 маркерами однонуклеотидного полиморфизма (SNP) и 50 группами сцепления (16) была сопоставлена ​​с собранным геномом золотой рыбки, что показало, что упорядоченные каркасы и генетическая карта в высшей степени высоки. согласуются друг с другом, со средним коэффициентом корреляции Пирсона, равным 0.923 (Рис. 1 и SI Приложение , Рис. S3). Эта сборка генома золотой рыбки, основанная на инбредной линии продвинутого поколения, является более полной и качественной, чем недавно опубликованный проект генома золотой рыбки «Wakin» (1) ( SI Приложение , рис. S4), но сопоставим с геномом другой золотой рыбки. опубликовано недавно (2). CEGMA (17) и BUSCO (18) использовались для вызова 219 (88,7%) полных моделей генов из 248 ультраконсервативных основных эукариотических генов и 4344 (94,7%) полных моделей генов из 4584 консервативных генов актиноптерисов в нашей сборке ( SI Приложение , таблицы S6 и S7).

Рис. 1.

Особенности генома золотых рыбок и их эволюция. ( A ) Кольца от самого внешнего до самого внутреннего представляют собой полные геномы в Mbp. Субгеном A окрашен в фиолетовый цвет, а субгеном B — в оранжевый (кольцо A). Показаны плотность генов у золотой рыбки (кольцо B), плотность SNP в популяции 201 золотой рыбки (кольцо C), плотность InDel в популяции 201 золотой рыбки (кольцо D), содержание GC (гуанин-цитозин) во всем геноме золотой рыбки ( кольцо E), TE во всем геноме золотой рыбки (кольцо F), экспрессия генов (кольцо G), коллинеарность хромосом между субгеномами (кольцо H), экспрессия генов (кольцо I) и коллинеарность хромосом между субгеномами (кольцо J).Каждый сигнал рассчитывали в скользящих окнах размером 500 кб с шагом 100 кб. ( B ) Доля считываний P. semifasciolatus по сравнению с картированными считываниями золотой рыбки. Схемы картирования ридов для других пяти видов Barbinae см. В приложении SI , рис. S9 и S10. ( C ) Распределение несинонимичных замен между выбранными парами среди таксонов C. auratus (золотая рыбка), C. carpio, C. idellus , D. rerio , иллюстрирующее генетическое расстояние между парами ортологичных генов (между два разных таксона) или паралоговые пары генов (в пределах одного таксона).( D ) Дупликации генома и перестройки хромосом у C. auratus , C. carpio , C. idellus , P. semifasciolatus и D. rerio .

Геном золотой рыбки включает 56 251 кодирующий ген и 10 098 длинных некодирующих транскриптов (Таблица 1 и SI Приложение , Таблицы S5 и S8). Сравнение с Cyprinus carpio , Ctenopharyngodon idellus , Danio rerio и людьми выявило 937 (4%) семейств генов, уникальных для золотой рыбки ( SI Приложение , рис.S5). Мобильные элементы (TE) охватывают 33,04% сборки генома золотой рыбки, что ниже, чем у обычного карпа (39,20%) (19), Wakin (39,60%) (1) и рыбок данио (54,30%) (20) , но выше, чем 33,00% для пещерных рыб (21) и 30,68% для Oryzias latipes (22) ( SI Приложение , Таблица S9). Потенциальные центромерные области были предсказаны для 38 из 50 хромосом, что снова подчеркивает близкую полноту собранного генома золотой рыбки ( SI Приложение , рис.S6 и S7 и Таблица S10).

Распутывание субгеномов в Золотых рыбках.

Более 50 лет предполагалось, что золотая рыбка является тетраплоидным видом (23, 24). Недавнее исследование карповых в подсемействе Barbinae (2n = 50) показало, что виды этого подсемейства могли быть ближайшими диплоидными предками золотых рыбок (25), и привело к гипотезе, что Barbinae могут быть предками диплоидной линии, ведущей к золотым рыбкам. Мы выполнили полногеномное секвенирование шести репрезентативных диплоидных видов Barbinae, включая Puntius semifasciolatus , Hypsibarbus vernayi , Mystacoleucus marginatus , Balantiochelos melanopterus , Balantiochelos melanopterus , Barbonymus , Инжир.S8) и сопоставили в среднем около 14 миллионов считываний этих шести видов Barbinae со сборкой генома золотой рыбки.

50 хромосом золотой рыбки можно четко разделить на два набора (субгеномы), о чем свидетельствует сопоставление непропорционального количества считываний (в среднем 80,4%) с одним из гомеологичных геномов, несмотря на общие схожие размеры между парами гомеологичных хромосом. (Рис. 1 A и B и SI Приложение , рис. S9 и S10 и таблица S5).Смещенная доля отображенных считываний в сторону одной гомеологичной хромосомы (от 70,11% до 84,52%) очень согласована для разных хромосом, что позволяет предположить, что C. auratus произошли от двух предковых линий, одна из которых была общей для Barbinae. Таким образом, мы определили набор хромосом с наибольшей долей считываний, выровненных между золотой рыбкой и Barbinae, как субгеном A (ChrA01∼A25) и обозначили оставшийся набор как субгеном B (ChrB01∼B25). Для сравнения, приложение SI, приложение , таблица S11 показывает, как эти различные субгеномы соотносятся с другими (суб) геномами, обсуждаемыми в других исследованиях.Семейство повторов считалось обогащенным в субгеноме по критерию A / (A + B) — B / (A + B) ≥ 0,8 или B / (A + B) — A / (A + B) ≥ 0,8, в результате чего одно A-специфическое и шесть B-специфичных повторов семейств, которые являются элементами hAT-Ac и TcMar-Tc1, соответственно (26) ( SI Приложение , Figs. S11-S13). Более того, филогенетическое дерево было построено на основе ядерного гена: то есть гена, подобного фактору роста соединительной ткани, который имеет только одну копию у диплоидных карповых и две копии у тетраплоидных карповых ( SI Приложение , рис.S14). Результаты показали, что предполагаемый гомолог от видов Barbinae ( P. semifasciolatus ) был сгруппирован с геном из подгенома A у золотой рыбки, с рыбками данио и стеклянным амуром в качестве внешних групп. Результаты показали, что субгеном A мог происходить от видов-предков в подсемействе Barbinae, тогда как диплоидный предок субгенома B, вероятно, вымер или произошел от еще неизвестной линии Cyprininae (25, 27). Мы предполагаем, что происхождение золотых рыбок связано с событием аллотетраплоидии, хотя нельзя исключать другие эволюционные события, такие как автополиплоидия, хотя и гораздо менее вероятно.Номера хромосом были обозначены в соответствии с их коллинеарностью с номерами рыбок данио (20) ( SI Приложение , рис. S15). Субгеномы золотых рыбок A и B содержат 28 133 и 26 141 ген, соответственно ( SI Приложение , Рис. S16 и Дополнительный текст ).

Чтобы изучить любые расхождения в паттернах транскрипции между двумя субгеномами, с помощью анализа РНК-seq, мы проанализировали паттерны экспрессии 16 362 пар гомеологичных генов в 10 тканях, включая селезенку, чешуйку, мышцы, среднюю почку, головную почку, кишечник. , жабры, спинной плавник, предсердие и семенник (но см. также исх.2). Во всех исследованных тканях 4,123 и 2,941 гомеолог были предположительно экспрессированы в субгеномах A и B, соответственно (Fig. 1 B и SI Приложение , Figs. S16-S22). По-видимому, гомеологичная экспрессия демонстрировала асимметричные паттерны экспрессии между двумя субгеномами, а доминирование уровня экспрессии в масштабе всего генома было в целом более смещено в сторону субгенома A в геноме золотой рыбки (2).

Эволюция генома золотой рыбки.

Большие сегментарные инверсии наблюдались для пар гомеологичных хромосом ChrA01 / ChrB01, ChrA04 / ChrB04, ChrA05 / ChrB05, ChrA09 / ChrB09, ChrA11 / ChrB11 и ChrA15 / ChrB15, несмотря на сильную общую коллинеарность.1 В ). Эти большие сегментарные инверсии могут быть одной из причин формирования аллотетраплоидии (28). Согласно синтеническим блокам, обнаруженным в C. auratu s, C. carpio , C. idellus , P. semifasciolatus и D. rerio , двух субгеномах золотой рыбки (Ks [замен на синонимичный site] = ∼0.17) и карп (Ks = ∼0.21) расходились от 13,28 до 16,67 млн ​​лет назад (MYA) (рис. 1 C и D ), что было раньше, чем расхождение между золотой рыбкой и карпом, которое состоялось 7.81∼8.77 MYA (Ks = ∼0.10). Мы предполагаем, что событие полногеномной дупликации (WGD) произошло в общей линии золотой рыбки и карпа, и, таким образом, у них может быть одинаковое количество хромосом (2n = 100), что в два раза больше основного числа хромосом (2n = 50) диплоидных членов подсемейства Cyprininae, что указывает на то, что эти два вида являются тетраплоидными (рис. 1 D ). Более того, данио, который отдаленно и в равной степени родственен всем карпам, отошел от последнего общего предка (LCA) C.carpio , C. auratus и C. idellus от 32,8 до 36,8 млн лет назад (рис.1 C и D ). Сегментные инверсии в ChrA04 / ChrA14 / ChrA19 произошли после дивергенции рыбок данио и линии, ведущей к подсемейству Cyprininae, потому что ориентация этого хромосомного фрагмента сохранялась среди существующих геномов Cyprininae, исследованных к настоящему времени ( SI Приложение , Рис. S15 и S23. –S25).

Приручение и структура популяции золотой рыбки.

Чтобы изучить историю эволюции и структуру популяции золотой рыбки, мы сгенерировали 4,3 терабазы ​​данных последовательности со средней глубиной секвенирования ∼12,5 × для всего 201 образца, в том числе 16 диких карася и 185 репрезентативных вариантов золотой рыбки (наборы данных S1 и S2 и SI Приложение , Рис. S26, Таблица S1 и Дополнительный текст ). Используемые дикие караси были собраны в 16 различных местах на востоке Китая, включая Чжэцзян и Цзянсу (5) ( SI Приложение , рис.S26). Мы сопоставили 33 ранее описанные последовательности обыкновенного карпа (19) с нашим геномом золотой рыбки и построили филогенетическое дерево на основе расстояния, используя около 6,5 миллионов двуаллельных SNP, генотипированных в 234 образцах, включая обычного карпа, карася и золотую рыбку. Группа, содержащая карпа, была четко отделена от группы, содержащей карась и золотую рыбку ( SI Приложение , рис. S27 A ), что соответствовало анализу главных компонентов (PCA), основанному на том же наборе данных SNP ( SI Приложение , рис.S27 B ).

Филогенетическая реконструкция 201 образца карася и золотой рыбки показала, что обыкновенная золотая рыбка была более близка к карасу, чем к другой золотой рыбке, и разделила последнюю на две линии (Рис. 2 A — C ). Оба главного компонента 1 (PC1) (11,29%) и PC2 (7,87%) в целом отличали обыкновенную золотую рыбку от золотой рыбки из яйца (отсутствие спинного плавника) и золотой рыбки Вэнь (наличие спинного плавника) ( SI Приложение , рис. S28 – S30), соответственно.Филогенетическое древо также показало, что золотую рыбку Вэнь можно разделить на три отдельные подгруппы, включая Веню-Оранда, телескоп и Вен-Помпон, тогда как золотую рыбку Яйца можно разделить на четыре подгруппы, а именно: Яйцо-Львиноголовый, Яйцо-Помпон и Китайское ранчо, соответствует PCA на основе общих SNP (рис. 2 B и SI, приложение , рис. S31 – S37).

Рис. 2.

Структура популяции золотых рыбок. ( A ) Основные компоненты вариации SNP.Образцы из субпопуляций карася (CC), обыкновенной золотой рыбки (CG), золотой рыбки Вэнь (WG) и яичной золотой рыбки (EG) и ( B ) Кластеры CG, Веню – Оранда (WO), телескопический глаз (TE) , Показаны Вен – Помпон (WP), Яйцо – Львиноголовый (EL), Яйцо – Помпон (EP) и Китайское – Ранчу (CR), со всеми образцами в A , за исключением CC. На графиках показаны первые два основных компонента. ( C ) Объединение соседей в кластеры CC, CG, WO, TE, WP, EL, EP и CR на основе генетического расстояния, рассчитанного из SNP.Цвет ветвей указывает на принадлежность к одной из восьми классифицированных популяций золотых рыбок. Масштабная линейка показывает количество замен на сайте. ( D ) Анализ TreeMix 185 золотых рыбок, разделенных на семь кластеров, при этом образцы карася выступают в качестве внешней группы. Стрелки соответствуют направлению потока генов. ( E ) График СТРУКТУРЫ для CC и золотой рыбки. Показано распределение генетических кластеров K = 6. Восемь различных популяций и номер выборки для каждой совокупности указаны после сокращенных названий совокупностей.

Далее мы рассчитали параметры дрейфа в свете аллельных вариантов в 201 выбранном геноме и построили деревья, показывающие филогенетические отношения между золотой рыбкой и карасем (рис. 2 C ). Направление потока генов для вен-помпона из яйца-помпона (вес = 0,142) (рис. 2 D ) указывает на то, что он, включая японскую ханафузу, является аналогом китайского помпона (яйцо-помпон) (27 ).

Приручение и выборочные проверки.

Чтобы выяснить геномику одомашнивания золотой рыбки, мы проанализировали скорость распада неравновесия по сцеплению (LD) (обозначено r2), D Таджимы и генетического разнообразия (π) для четырех субпопуляций (карась [CC], обыкновенный золотая рыбка [CG], Wen и Egg) (рис.3 A и B и SI Приложение , рис. S38 – S41). Распад LD у карася происходил значительно быстрее, чем у золотой рыбки (рис. 3 A ), что свидетельствует о значительно более высокой частоте генетической рекомбинации у карася, в то время как инбридинг более распространен у золотых рыбок. Более того, распад LD в группе Egg был быстрее, чем в группе Wen, что указывает на более сильный искусственный отбор в группе золотых рыбок Egg, что согласуется с оценками индекса фиксации Fst, который количественно определяет дифференциацию популяции (рис.3 A и SI Приложение , рис. S41). По сравнению с карасем (1,133), значения D Таджимы для группы яиц (1,770) и группы Wen (2,315) были значительно выше (рис. 3 B ), что подтверждает гипотезу о существовании генетического узкого места популяции во время одомашнивания. и сильная искусственная селекция золотых рыбок. Различные подгруппы также показали вариации в генетическом разнообразии (π) ( SI Приложение , рис. S38). Значение π увеличилось у карася (0.00059) до обычной золотой рыбки (0,00124) и увеличилось с обычной золотой рыбки (0,00134) до золотой рыбки Вэнь и золотой рыбки Яйца (0,00297). Эти наблюдения предполагают, что процесс одомашнивания из карася и обыкновенной золотой рыбки увеличил генетическое разнообразие в результате искусственного отбора (Рис. 3 B и SI Приложение , Рис. S32), что указывает на накопление значительной генетической изменчивости у золотой рыбки. после их одомашнивания от карася.

Рис. 3.

Скрининг по всему геному для селективных поисков золотых рыбок, связанных с одомашниванием.( A ) Распад LD, ( B ) значение D Таджимы и ( C ) полногеномный анализ одомашнивания с выборочными измерениями, выведенными из сравнений между обыкновенной золотой рыбкой, золотой рыбкой Вэнь, Яичной золотой рыбкой и карасьем. карп. Полногеномный порог 2,5 определялся верхним 1% значений Fst. Мы рассчитали баллы CLR, чтобы подтвердить выборочные зачистки, основанные на особенностях одомашнивания; самый высокий показатель CLR составил 5%. Стрелки указывают на сдвиги, которые произошли у золотой рыбки в процессе приручения, а количество хромосом субгенома A и B окрашено в фиолетовый и оранжевый цвета соответственно.Репрезентативные гены-кандидаты в этом регионе включают: eif3f (Cau.A01G0002820), dmd (Cau.A01G0002960), nav3 (Cau.A04G0007000), scgn (Cau.A04G0010160a. mat A04G0010480), aurka (Cau.A06G0010390), agrp (Cau.A07G0008060), slc4a3 (Cau.A09G0011550), grk5 (Cau.A10G1380000) (Cau.A19G0007320), macf1a (Cau.A19G0007840), ndufs5 (Cau.A19G0007860), ak2 (Cau.A19G0007880), extl3 (Cau.A20G0012960), zap70 (Cau.B08G0005260), pxnb (Cau.B09G0001240), Pcdh25 nhsl1b (Cau.B20G0006630). ( D и E ) Диаграмма бифуркации гаплотипов в популяции золотых рыбок с двумя иллюстративными примерами, показанными с расширенными гаплотипами на eif3f -аллеле ChrA01 ( D ) и entpd5a -аллеле r E ).Диаграмма бифуркации гаплотипа визуализирует распад LD на все более больших расстояниях от основного аллеля до фокального SNP, который обозначен вертикальной пунктирной линией. Толщина линий соответствует частоте гаплотипа. ( F и G ) EHH (расширенная гомозиготность гаплотипов) для SNP «ChrA01: 7730883 / A / T» (диагностика для eif3f ) в популяциях золотых рыбок и карасей показаны темно-голубой линией, соответственно ( F ), а для SNP «ChrA17: 22930930 / A / T» (диагностика для entpd5a ) в популяциях золотой рыбки и карася отмечены глубокой и светлой красной линией соответственно ( G ).

Чтобы идентифицировать потенциальные селективные сигналы во время одомашнивания золотой рыбки, мы просканировали области генома на основе общегеномных расчетов для выборочного сканирования путем оценки Fst и составного отношения правдоподобия (CLR) (28), а также выполнили энтропийный анализ ( Материалы и методы ) . Чтобы избежать чрезмерного представления данных о золотых рыбках, мы выбрали для этого анализа 33 отдельные золотые рыбки и 16 особей дикого карася. Верхний 1% значения –log (P) охватывал 50 областей генома, всего 25.2 Mb и несущие 946 генов (рис. 3 C и набор данных S3). Общий уровень полиморфизма (частота минорных аллелей) в выбранных регионах составляет 0,065 для всех разновидностей золотых рыбок по сравнению с 0,236 для всего генома, что представляет четырехкратное сокращение разнообразия, возможно, из-за селективного разведения и одомашнивания. Последовательности размером ~ 25,2 млн п.н. показали нелинейность по отношению друг к другу (между двумя субгеномами), что указывало бы на потенциальную функциональную комплементацию гомеологичных хромосом у золотой рыбки.Анализ генной онтологии (GO) и Киотской энциклопедии генов и геномов (KEGG) 940 генов показал, что значительная часть генов-кандидатов связана с морфогенезом, пигментацией, поведением, иммунным ответом / инфекционными заболеваниями, энергетическим метаболизмом и реакцией на гормоны (набор данных S3). Мы также исследовали гены, связанные с фенотипами, которые наблюдались у мутантов рыбок данио (https://zfin.org/), и обнаружили, что 173 из генов, соответствующих 132 ортологам, проявляют мутантные фенотипы в линиях нокаута генов у рыбок данио, включая фенотипы, связанные с пигментацией. , морфогенез и поведение, которые подвергались положительному отбору более 1000 лет у золотых рыбок (набор данных S3).

Эти селективные развертки были дополнительно изучены в вышеупомянутых 201 образце, и 393 гена указали на области завершенной выборочной развертки (фиг. 3 C и D и набор данных S4). Из 393 генов показан 21 репрезентативный ген-кандидат с высокой степенью дифференциации популяции (Fst) и сильно отрицательным Таджимом D (рис. 3 C ). Среди этих 21 гена 13 являются ортологами генам, для которых существуют нокаутные линии у рыбок данио, которые проявляют мутантные фенотипы, связанные с поведением ( pcdh25a и agrp ), уменьшенным размером глаза ( ndufs5 ), миграцией клеток ( nav3 ). и zap70 ) или уменьшение размера мозга ( aurka ) (набор данных S3).Диаграммы бифуркации гаплотипа показаны для двух примеров: eif3f -аллеле (рис. 3 D и F ) и entpd5a -аллеле (рис. 3 E и G ). Во всей популяции золотых рыбок средний уровень генетического разнообразия (π) этих 393 генов составляет 1,14E-4 по сравнению с 1,16E-3 для всех генов во всем геноме. Эти гены с низким разнообразием, вероятно, способствовали фенотипам, связанным с основными признаками одомашнивания у золотой рыбки.

Общегеномное исследование спинного плавника у домашних золотых рыбок.

Дарвин отметил, что золотая рыбка демонстрирует «самые необычные модификации строения», и зарегистрировал варианты золотой рыбки без спинного плавника, с двойными анальными плавниками и с тройным хвостом (29). Спинной плавник — замечательная особенность, которая отличает золотую рыбку Вэнь от золотой рыбки из яйца, а уменьшение спинного плавника является ключевым шагом в эволюции золотой рыбки из яйца. Для изучения генетической сегрегации формы спинного плавника мы скрестили китайское ранчо (золотая рыбка из яйца) с Lionhead (золотая рыбка вэнь).Популяция F1 от самок китайского ранчо и самцов Lionhead содержала 31% (62) нормальных, 4,5% (9) отсутствующих и 64,5% (129) аномальных спинных плавников. Напротив, популяция реципрокного кросса F1 содержала 25,5% (51) нормальных и 74,5% (149) аномальных спинных плавников ( SI Приложение , рис. S42), что позволяет предположить, что этот признак спинного плавника контролируется несколькими локусами генов, вероятно, с материнскими локусами. генетические эффекты.

Анализ удержания гомеологов ассоциированных генов спинного плавника показал, что из 222 генов, расположенных в субгеноме A, только 72 гомеолога присутствовали в субгеноме B.Эти гены сохранялись реже (уровни удерживания составляют ∼53% и ∼46% для полногеномных субгеномов A и B, соответственно), чем в среднем сохранялись в виде двух копий (уровни удерживания составляют ∼89% и ∼83% для полногеномных субгеномов). субгеномы A и B соответственно), хотя различия не являются статистически значимыми на основании теста t (значение P = 0,1702). Мы также выполнили полногеномное ассоциативное исследование (GWAS) признака спинного плавника на основе 96 контрольных (золотая рыбка Вэнь) и 87 случаев (икринка золотой рыбки, за исключением 2 рыб с неоднозначными спинными плавниками) (рис.4 А ). В общей сложности 378 генов, связанных с фенотипом спинного плавника, были обнаружены в 8,96 Mb геномных областей, распределенных по 13 хромосомам. В общей сложности 85,2% (322) этих генов были обнаружены в субгеноме A, при этом значительные части были расположены на пяти хромосомах, включая ChrA09 (84), ChrA07 (64), ChrA22 (56), ChrA16 (45) и ChrA05 ( 41) (рис.4 B , SI Приложение , рис. S43 и набор данных S5), что значительно превышает количество связанных со спинным плавником генов (56), расположенных в субгеноме B (точный критерий Фишера, P значение <2.2e-16), что свидетельствует о неравномерном субгеномном распределении генов, связанных со спинным плавником. Анализ GO и KEGG показал, что гены-кандидаты для этого признака предположительно участвуют в «сигнальном пути рецептора клеточной поверхности», «передаче сигнала», «трансмембранном переносе», «развитии скелетной системы» и «первичном метаболическом процессе и азотистых соединениях органа. метаболический процесс »(набор данных S5).

Рис. 4.

GWAS для признаков, связанных со спинным плавником у золотой рыбки. ( A ) Фотографии золотой рыбки Вэнь (WG, со спинным плавником) и икринки золотой рыбки (EG, без спинного плавника).( B ) GWAS для генов, связанных со спинным плавником в популяции Wen / Egg-goldfish. Указаны гены, окружающие или внутри ассоциативных пиков. Названия генов выделены жирным черным / красным шрифтом в областях-кандидатах, потенциально связанных с развитием спинного плавника у золотой рыбки. Репрезентативные гены-кандидаты по признакам, связанным со спинным плавником, включают: dhfr (Cau.A05G0015640), cxcr4b (Cau.A09G0004970), zic2a (Cau.A09G0008030), gpr183.Ar0139 (Cau.A09G0008030), gpr183. (Cau.A13G0000420), tal1 (Cau.A22G0009870), kif5ba (Cau.B02G0011950) и atp1a2a (Cau.B02G0012070). Номер хромосомы субгенома A и B окрашен в голубой и оранжевый цвета. Пунктирными линиями показаны различные пороги значимости для всего генома, соответственно. ( C и E ) Диаграмма бифуркации гаплотипов в субпопуляциях EG и WG, начиная с двух аллелей в одном из репрезентативных значимых сайтов SNP GWAS. Диаграмма бифуркации гаплотипа визуализирует распад LD на все более больших расстояниях от основного аллеля до фокального SNP, который обозначен вертикальной пунктирной линией.Толщина линий соответствует частоте гаплотипа. Мы показываем расширенный гаплотип на аллеле dhfr субпопуляции EG в C по сравнению с более короткими гаплотипами на аллеле dhfr субпопуляции WG в E , что соответствует выборочной развертке вокруг dhfr аллель в субпопуляции EG. ( D и F ) EHH для SNP «ChrA05: 38588915» (диагностика для dhfr ) в субпопуляции EG ( D ) и субпопуляции WG ( F ) показана бордовой линией (для G) и синяя линия (для C) соответственно.

Примечательно, что 57 генов из этих 378 генов соответствуют 50 ортологам рыбок данио, для которых нокаутные линии генов проявляют мутантные фенотипы (набор данных S5). Мутантные фенотипы для 13 из этих генов рыбок данио (26%) связаны с развитием спинного плавника, включая снижение встречаемости спинного продольного анастомотического сосуда ( itgb1a , rab13 и e2f8 ), аномальные спинные ( kif5ba ), аномалия дорсальной аорты ( fev , cxcr4b , gpr183a , tal1 , glrx2 и uchl5 ), вентрализованная ( za za ) вентрально и dhfr ) (набор данных S5).Диаграмма бифуркации гаплотипа показана для одного примера, dhfr (рис. 4 C — F ). Мы дополнительно изучили генотипы наших 183 образцов золотых рыбок (исключая 2 образца с неоднозначным спинным плавником) (рис.4 E и набор данных S6) и обнаружили, что 24 из соответствующих областей у золотой рыбки не содержат аннотированных экзонов, кодирующих белок, а 246 гены у золотой рыбки отображают генотипы, которые обычно совпадают с наличием / отсутствием спинного плавника (рис. 4 E и набор данных S6).Показаны восемь репрезентативных генов (фиг.4 E ), в том числе 7 генов, связанных с дорсальным развитием у рыбок данио ( dhfr , cxcr4b, zic2a, gpr183a , tal1 , kif5ba и 9013a at ) в то время как nrxn1a был связан с позвоночными аномалиями у людей (30). Дигидрофолатредуктаза ( dhfr ) является ключевым ферментом в фолат-опосредованном метаболизме и участвует в пути биосинтеза митохондриального тимидилата de novo.Недавно сообщалось, что ферменты, регулирующие метаболизм фолиевой кислоты, активируются в плавниках рыбок данио через 4 дня после ампутации (31). Мы предполагаем, что dhfr может в некоторой степени способствовать наличию / отсутствию плавника. Эти гены, вероятно, сыграли ключевую роль в искусственном отборе золотой рыбки Egg от золотой рыбки Wen, а также в развитии спинного плавника (31).

Гены-кандидаты для классического случая менделевского наследования у золотой рыбки.

Прозрачный мутант золотой рыбки был впервые зарегистрирован в 1579 году (5) и является классическим случаем менделевской генетики у рыб и даже позвоночных с неполным доминированием в локусе T / t (12).Однако ген, расположенный в локусе T / t, не был идентифицирован после его первого сообщения в 1928 году. Золотые рыбки с прозрачной чешуей распределены по каждой из подгрупп в панели из 185 фенотипов рыб, потому что единственный ген, контролирующий этот прозрачный мутант, стал широко распространена при разведении золотых рыбок за последние 400 лет. Используя 48 случаев и 127 контролей, мы обнаружили один сильный пик ассоциации (-log10 (P) = 17,3) с пятью SNP на одном плече ChrB15 (рис. 5 A — E ), который совпадает с неполным доминантным генетическим Паттерн локуса T / t (рис.5 F ). В этом регионе наблюдалась геномная инверсия по сравнению с гомеологичной хромосомой 15. Кроме того, мы тщательно изучили регионы на основе большего набора данных вариантов SNP и вставок / делеций (InDels) популяции и обнаружили, что сегрегация 14 SNP и двух InDel. совпадает с локусом T / t, как предполагалось (12). В области-кандидате ChrB15: 28,558-153,105 мы идентифицировали ген, Cau.B15G0000010 (ChrB15: 48,888-76,549), кодирующий UFO-подобный рецептор тирозин-протеинкиназы, содержащий четыре SNP в предсказанных сайтах связывания фактора транскрипции в его 5 ‘Нетранслируемая область (UTR) (рис.5 G ). Тирозинкиназа лейкоцитов связана с развитием пигментных клеток у рыбок данио (31), а члены семейства рецепторных тирозинкиназ играют роль в развитии меланомы у людей (32), хотя роль этого семейства генов у золотых рыбок в настоящее время неизвестна. У золотой рыбки рецептор тирозин-протеинкиназы может регулировать тирозинкиназу и, таким образом, приводить к изменению пигментации. В этой области при сильной ассоциации соседний ген Cau.B15G0000020, кодирующий белок, подобный бета-секретазе 1 (bace1) с несинонимичной однонуклеотидной мутацией, был связан с миграцией меланоцитов у рыбок данио (33) и у людей (34). , что может объяснить частое появление черных пятен или пятен на золотых рыбках с прозрачной чешуей (рис.5 А ). Хотя функциональная проверка еще не завершена, мы полагаем, что рецептор тирозин-протеинкиназы является сильным кандидатом на локус T / t у золотой рыбки.

Рис. 5.

GWAS для прозрачных чешуйчатых признаков в популяции золотых рыбок. ( A ) Золотая рыбка с прозрачной чешуей или полупрозрачной чешуей служила случаем и контролем, соответственно. ( B ) PCA для образцов из случая (прозрачная шкала), контроля (полупрозрачная шкала) и неизвестных популяций на основе данных последовательности всего генома.PC1 и PC2 обозначают баллы по основным компонентам 1 и 2 соответственно. ( C ) Манхэттенский график для прозрачной шкалы GWAS. Две пунктирные горизонтальные линии представляют пороговые значения для очень высокой значимости [верхние 0,1%, –log10 (P) = 3,38] и значимости [верхние 1%, –log10 (P) = 2,03]. Стрелка указывает на очень значимые пики. ( D ) График квантиль – квантиль для GWAS в рамках общей линейной модели. ( E ) Местный участок Манхэттена, окружающий пик ассоциации на ChrB15.Двойные пунктирные горизонтальные линии представляют пороговые значения для высокой значимости [верхние 0,1%, –log10 (P) = 3,38] и значимости [верхние 1%, –log10 (P) = 2,03]. Области в рамке в D и E указывают на SNP с высокой степенью достоверности. ( F ) Анализ генотипа для области-кандидата ( верхний ) и порядок генов ( низ ) в области-кандидате; зеленые, желтые, оранжевые и серые блоки представляют собой опорный аллель гомозиготный (0/0), гетерозиготный (0/1), вариантный гомозиготный аллель (1/1) и отсутствующий генотип (./.), соответственно. Вертикальная оранжевая полоса состоит из оранжевых блоков, которые представляют гомозиготный вариант аллеля (1/1). ( G ) Показаны гены-кандидаты и регуляторные элементы 5′-UTR. Экзоны, интроны и 5′-UTR представлены синими прямоугольниками, пунктирными линиями и голубыми прямоугольниками соответственно. Варианты сайтов отмечены красными стрелками.

Обсуждение

Клеосты претерпели по крайней мере три раунда WGD в течение своего эволюционного прошлого, из которых самый последний является специфичным для костистых (Ts3R) и датируется от 320 до 350 MYA (35, 36).Золотая рыбка — один из немногих видов костистых рыб, которые подверглись дополнительной, значительно более поздней РГД. Сравнительная геномика показала, что золотая рыбка произошла в результате слияния двух видов-предков, один из которых тесно связан с видами Barbinae. Предполагается, что WGD у золотой рыбки возникает в результате события гибридизации (аллотетраплоидии) между двумя его видами-предшественниками до расхождения карпа и золотой рыбки, которое датируется от ~ 13 до 16 MYA (Fig. 1 C ). WGD у золотой рыбки, возможно, совпал с концом быстрого подъема Тибетского плато (37) и сопутствующим глобальным изменением климата и мог дать аллотетраплоидной золотой рыбке избирательное преимущество для выживания в быстро изменившейся среде (38, 39).Как обычно предполагают для аллополиплоидных растений (40), золотые рыбки также экспрессируют гены, преимущественно находящиеся в разных субгеномах ( SI Приложение , Fig. S20), предполагая, что эти два субгенома, вероятно, функционально разошлись. Недавнее исследование карпа (41) также выявило доминирование субгенома и различную экспрессию генов на гомеологичных хромосомах, что в целом подтверждает асимметричную эволюцию генома у Cyprinidae . Кроме того, WGD у золотой рыбки, по-видимому, в первую очередь приводит к избыточности генов, повышению мутационной устойчивости и, вероятно, защите золотой рыбки от вредного воздействия мутаций (42), тем самым делая возможным искусственный отбор мутаций в ключевых функциональных генах золотой рыбки.При наличии этой высококачественной сборки генома золотая рыбка может стать отличной модельной системой для генетических исследований доминантных вредных мутаций у позвоночных.

Было показано, что искусственный отбор по спинному плавнику имеет предпочтительные варианты из субгенома золотой рыбки A, который был получен из генома-предка, который тесно связан с P. semifasciolatus . Оба субгенома могли по-разному способствовать искусственному отбору определенных признаков во время одомашнивания золотой рыбки.Подобный феномен наблюдался у аллотетраплоидного хлопка, который показал вклад асимметричного субгенома в признак длинных волокон (43). Хотя наш анализ GWAS выявил некоторые гены, которые, как ранее было известно, связаны с развитием родственных черт костистых, мы также идентифицировали многие локусы с неизвестной функцией. Совсем недавно потенциально ассоциированные гены, относящиеся к фенотипу потери спинного плавника, были также идентифицированы у золотой рыбки, и было обнаружено, что lrp6S находится в субгеноме S (соответствующем субгеному B в нашей нотации) ( SI Приложение , Таблица S11) (44).Основываясь на классической генетике (эксперименты по скрещиванию), GWAS и анализу истории популяции в этом исследовании, мы считаем, что признак спинного плавника, вероятно, контролируется несколькими локусами, что подтверждается нашим гораздо более широким отбором золотых рыбок; таким образом, несоответствие между текущим исследованием и Kon et al. (44), возможно, вызвано различием окукливаний двух GWAS. Дальнейшая работа будет необходима для функциональной проверки конкретных генов, управляющих этими искусственно отобранными признаками.

Наборы популяционных геномных данных, которые мы собрали, связанные с генами-кандидатами и областями генома, могут помочь выяснить генетическую основу различных признаков у золотой рыбки, могут предоставить ресурсы для широкого круга исследований и могут иметь важные последствия для использования золотая рыбка как модель для генетических исследований позвоночных.Полноценное понимание генетики золотых рыбок может также способствовать использованию золотых рыбок в качестве многообещающего материала для изучения естественных мутаций и искусственного отбора и, таким образом, может обеспечить связь с дупликацией генома, морфологической эволюцией и одомашниванием животных и растений в будущем (45). .

Материалы и методы

Дополнительные материалы и методы подробно описаны в Приложении SI , Дополнительные материалы и методы .

PacBio Sequencing.

Геномная ДНК была выделена из крови золотой рыбки. Концентрированную и разрезанную ДНК (6 мкг) отбирали по размеру с использованием системы автоматического выбора размера ДНК BluePippin (Sage Science Inc.). Библиотеки SMRTbell (~ 20 кб) были приготовлены в соответствии с протоколом, описанным PacBio. Данные SMRT были получены с использованием системы PacBio RSII с химическим составом P6-C4 ( SI, приложение , таблица S12).

Оптические карты генома Irys.

Картирование генома было выполнено с использованием системы Bionano Genomics Saphyr с технологией массива NanoChannel.Оптические карты были собраны с помощью строительных лесов с использованием Irys с параметрами по умолчанию.

Построение и секвенирование библиотеки Hi-C.

Свежая кровь была собрана у золотой рыбки для подготовки геномной ДНК для создания библиотек Hi-C в компании BioMarker Technologies Company следующим образом (46). Считывания парных концов длиной 150 п.н. получали секвенированием библиотек на платформе Illumina HiSeq X Ten.

Предварительная обработка необработанных данных.

Чтения с качеством <0,75 или длиной <500 п.н. затем отфильтровывались.Затем чтения SMRT были скорректированы с использованием параметра corOutCoverage = 100, который позволяет корректировать все входные чтения PacBio. Необработанные данные BioNano обрабатывали с использованием пакета IrysView (Bionano Genomics, Сан-Диего, Калифорния). Молекулы с отношением сигнал / шум метки (SNR) ≥3,0, средней интенсивностью молекулы <0,6 и длиной> 100 т.п.н. были сохранены для использования в сборке генома.

Сборка генома и построение псевдохромосом на основе Hi-C.

Первоначальная сборка генома золотой рыбки de novo была выполнена с помощью считывания PacBio (80-кратное покрытие последовательностей) с использованием Canu (13) (v1.6). Впоследствии черновая сборка была отполирована короткими считываниями 50 × Illumina с использованием Pilon (47). ALLHiC (15) использовался, как описано ранее, для создания каркаса аллотетраплоидного генома золотой рыбки на шкалах хромосомного уровня.

Генетические карты и проверка сборки.

Чтобы проверить точность сборки на уровне хромосом, карта генетического сцепления с высоким разрешением для карася (16) с 8487 маркерами SNP, присвоенными 50 группам сцепления, была применена к 50 псевдохромосомам, заякоренным Hi-C с использованием ALLMAP (48 ).

Аннотации генома.

Консенсусные последовательности TE для генома золотой рыбки были созданы с использованием RepeatModeler с комбинацией de novo и гомологической стратегии, включая две de novo программы поиска повторов, RECON (49) и RepeatScout (50), которые мы импортировали в RepeatMasker (www.repeatmasker). .org /) для идентификации и кластеризации повторяющихся элементов. Модели генов ab initio оценивали с использованием транскриптов и белков, чтобы выбрать наиболее согласованную модель для каждого гена на основе значения расстояния редактирования аннотации (AED), выполнив аннотацию гена первого прохода с помощью MAKER (51).

Оценка времени дивергенции видов.

Мы использовали MCScanX (52) для идентификации синтенных блоков (областей, по крайней мере, с пятью коллинеарными генами) между видами и расчета коэффициентов Ks для синтенных генов с использованием метода Неи – Годжобори, а медианное значение Ks использовалось для оценки времени дивергенции на основе на коэффициенте эволюции C. idella (53).

Анализ структуры населения.

Мы использовали PLINK (54) (v1.9) для расчета пропорций гетерозигот, отсутствующих генотипов и коэффициентов инбридинга для каждой выборки.Матрица генетического родства (GRM) всех попарных сравнений выборок была рассчитана с использованием программного обеспечения Genome-wide Complex Trait Analysis (GCTA) (v1.26.0) (55) и визуализирована с помощью pheatmap пакета R (56). Вывод структуры популяции был выполнен с использованием ADMIXTURE (57) (v1.23).

Оценка параметров населения.

Анализ распада LD для генотипов в файле VCF-файла был проведен с использованием popLDdecay (58). Мы оценили параметры популяции, генетическое разнообразие (π) и генетическое расстояние (Таджима D) для каждой группы, и рассчитали статистику (Fst) для измерения дифференциации популяции путем сравнения всех выборок с субпопуляцией карасей с помощью VCFtools (59) для каждого неперекрывающегося 50- геномный блок kb по всему геному.

Выборочное обнаружение развертки.

Набор специфичных для маркеров SNP карасей (C16) и 33 репрезентативных золотых рыбки (G33) были отфильтрованы с помощью PLINK (54) с параметрами –mac 10 –geno 0.2. Мы использовали этот набор маркеров для проведения анализа структуры популяции (PCA и TreeMix для четырех групп), и результаты были подтверждены предыдущими результатами в этом исследовании.

Случай-контроль GWAS морфологических признаков.

PLINK (54) использовался для проведения GWAS с контролем случая. λGC определяется как отношение между значением 1-степени свободы χ ² медианного значения P и 0.455 — значение 1-степени свободы χ ² для значения P , равного 0,5. Верхние 0,1% генетически скорректированного значения P (PGC) использовались в качестве порогового значения.

Нежелательные домашние животные: Гигантская золотая рыбка появляется в водных путях Миннесоты

Размещено: 13 июля 2021 г. / 07:39 CDT / Обновлено: 13 июля 2021 г. / 11:44 CDT

На этом снимке, предоставленном городом Бернсвилл, штат Миннесота, большая золотая рыбка, пойманная в озере Келлер во время исследования качества воды, сделана в пятницу, 2 июля 2021 года.Официальные лица Миннесоты заявляют, что они находят в водоемах все больше гигантских золотых рыбок, что побудило граждан прекратить незаконный сброс нежелательной рыбы в пруды и озера. Золотая рыбка, которая может вырасти до размера футбольного мяча, конкурирует с местными видами за пищу и увеличивает количество водорослей в озерах. (Город Бернсвилл через AP)

БЕРНСВИЛЛ, Миннесота (AP) — Официальные лица в Миннесоте заявили, что они обнаруживают все больше гигантских золотых рыбок в водных путях, что побудило граждан прекратить незаконный сброс нежелательной рыбы в пруды и озера.

Золотая рыбка, которая может вырасти до размера футбольного мяча, конкурирует с местными видами за пищу и увеличивает количество водорослей в озерах. В начале этого месяца официальные лица в пригороде Бернсвилла городов-побратимов обнаружили 10 рыб в озере Келлер, проводя обследование качества воды.

В понедельник было обнаружено 18 дополнительных рыб. Некоторые были 18 дюймов (46 сантиметров) в длину и весили около 4 фунтов (1,8 кг).

«Пожалуйста, не выпускайте золотых рыбок в пруды и озера!» город сказал в твиттере.«Они вырастают больше, чем вы думаете, и способствуют ухудшению качества воды, вымывая донные отложения и выкорчевывая растения».

Должностные лица Бернсвилла работали с Carp Solutions, начинающей компанией, которая разрабатывает новые технологии для борьбы с карпом, более крупным родственником золотой рыбки.

Компания использует для ловли рыбы электроловок с лодки, — сказал основатель компании Прземек Байер. Провода наэлектризовывают воду, и оглушенная рыба всплывает на поверхность, чтобы ее можно было поймать в сеть и измерить.