Инфиниум 8: Infinium — 8 (INF) mining calculator — solo vs pool profitability

Содержание

Infinium — 8 (INF) mining calculator — solo vs pool profitability

Веб странице и соци. сети

Infinium-8 (INF8) launched 7/18/2014. The open source reference implementation of CryptoNote was coded from scratch based on the CryptoNote reference implementation.

2015-2020 Hard times

Many developers tried to get over infinium project, the first one was user called «Nimoria» (2015) on github has tried to resume development of infinium network with fix of old seed nodes and making pull request to original infinium repo, but with no sucess. Next one was campurro (2019) trying to work on infinium, he fixed compilation of original code in GCC 5 and was hosting seed nodes and mining pool a long time, but even he left the project. The next was helium2017 creating discord group for infinium-8 at begining of 2020 and hosting pool and seed node. Helium2017 was the last person hosting infinium node when the next development team came.

October 2020 New start

In the october 2020 Jacob and 313 meet and started chatting about infinium coin. Jacob start’s infinium pool for himself and 313, but he doesn’t like the old code and both know in order to make the network functional again it will need at least code modernization. After many jacob’s attempts he settled with bytecoin v3.4.2 as base code from what he made a fork and modified it to be compatible with infinium network and he made the first hardfork.

November 2020 Infinium 2.0

— infinium 2.0.0 with fixed inflation bug, and also lowered the the block reward in half. This version wasn’t perfect, but infinium was finally usable again.

— infinium 2.0.1 with fixed bug with connection between seed nodes and added checkpoints after 2.0.0 hardfork and the network is realy to shine in new light

November 2020 Infinium 2.0.2

Infinium total supply calculation was fixed in this version, becouse the original calculation mechanism was not good enough and total supply variable was overflowing. You can see details of update here. And becouse of this update we can finally know how much infinium is currenty in circulation ~ 47122953 INF in circulation

Камчатские чиновники собирались майнить криптовалюту на рабочих местах

Камчатские чиновники собирались майнить криптовалюту на рабочих местах

Alexander Antipov

На компьютеры нескольких госслужащих региона пытались установить программное обеспечения для добычи Monero, Bytecoin и Infinium-8


Специалисты Минцифры Камчатского края пресекли попытку установки программного обеспечения для майнинга криптовалюты на компьютеры правительства региона. Как сообщили в правительстве, ПО для майнинга пытались установить госслужащие.

В ходе проверки установлено, что под учетными записями нескольких госслужащих на их автоматизированные рабочие места была зафиксирована попытка установки специального программного обеспечения, предназначенного для майнинга криптовалют.

Программное обеспечение было подготовлено к вычислению криптовалют monero, bytecoin и infinium-8.

В краевом кабмине говорят, что обнаруженное вредоносное программное обеспечение могло поставить под угрозу безопасность информационно-коммуникационной сети правительства региона, в том числе, создав опасность заражения компьютеров и серверного оборудования криптоджекингом – компьютерным вирусом, который скрывается в системе и похищает вычислительные ресурсы устройства для добычи ценных криптовалют.

Ранее стало известно, что в офисе главного полицейского управления Польши, который находится в Варшаве, была обнаружена майнинг-ферма. Незаконной добычей криптовалюты занималось гражданское лицо — IT-специалист, которого уже уволили. В полицейском управлении заверили, что уволенный сотрудник не имел доступа к базам данных правоохранителей.


Мы рассказываем о самых актуальных угрозах и событиях, которые оказывают влияние на обороноспособность стран, бизнес глобальных корпораций и безопасность пользователей по всему миру в нашем телеграм канале.
Поделиться новостью:

Rowenta Infinium RS-921 Инструкция по эксплуатации онлайн [3/8]

2

Благодарим Вас за доверие, проявленное к продукции компании «Ровента». Мы уверены, что Вы не разочаруетесь в том, что

приобрели пылесос «ИНФИНИУМ». Модель пылесоса «ИНФИНИУМ» без мешка для сбора пыли является результатом

интенсивных исследований конструкторов компании «Ровента». Эта модель полностью отвечает требованиям наиболее

требовательных покупателей в плане эффективности и простоты использования.

INFINIUM, пылесос без мешка для пыли, гарантирует постоянно высокую эффективность уборки благодаря

уникальной технологии УСКОРЕНИЯ ВОЗДУШНОГО ПОТОКА (Airforce System), запатентованной фирмой Rowenta.

Благодаря этой технологии пыль эффективно отделяется от воздуха, и крупные частицы пыли – от мелких:

• крупные частицы направляются в контейнер для пыли

• мелкие частицы пыли задерживаются благодаря высокоэффективной системе фильтрации.

Пылесос INFINIUM очень прост в использовании:

• не нужно больше постоянно заменять мешки и фильтры

• контейнер для пыли легко извлекается и опустошается

• отделение для аксессуаров на корпусе пылесоса – для компактного хранения насадок

• два индикатора (световой и звуковой) сообщат о том, что фильтр нуждается в очистке.

II • ПРАВИЛА ПОЛЬЗОВАНИЯ И МЕРЫ ПРЕДОСТОРОЖНОСТИ

Перед включением пылесоса размотайте шнур. Убедитесь, что шнур не запутан, не пережат и не

соприкасается с острыми предметами. Нельзя поднимать пылесос за шнур.

Используемые удлинители должны быть в исправном состоянии и соответствовать номинальному

напряжению пылесоса.

Запрещается выключать пылесос, потянув вилку из розетки за шнур.

Все фильтры должны быть хорошо установлены. Запрещается пользоваться пылесосом без фильтра.

Регулярно проверяйте, очищайте и меняйте фильтры.

Используйте только гарантированные фильтры компании «Ровента».

При возникновении любых проблем с эксплуатацией обращайтесь в:

СЛУЖБУ ИНФОРМАЦИИ — тел. (095) 967-32-30

I • ОПИСАНИЕ

1. Выключатель (вкл./выкл.)

2. Ручка (для переноски пылесоса)

3. Световой индикатор загрязнения фильтра

4. Электронный регулятор мощности

min/ max (в зависимости от модели пылесоса)

5. Звуковой индикатор загрязнения фильтра

6. Педаль автонамотки шнура

7. Стопорное кольцо спирального сепаратора

8. Отсек для хранения насадок

9. Крышка отсека для хранения насадок

10. Спиральный сепаратор системы УСКОРЕНИЯ

ВОЗДУШНОГО ПОТОКА

11. Уплотнитель

12. Замок крышки

13. Крышка

14. Отверстие всасывания

15. Мягкий бампер

16. Встроенное в рукоятку дистанционное

управление ELECTRONIC CONTROL (в

зависимости от модели) :

a) Световой индикатор программирования

b) Кнопки регулирования мощности ( и )

c) Кнопка PAUSE (пауза)

17. Система фильтрации мелкой пыли:

а) контейнер

b) решетка

с) картридж фильтра

18. Отсек для фильтра

19. Ручка для переноски пылесборника

20. Пылесборник

21. Сетевой шнур

Стандартные или дополнительные

аксессуары (в зависимости от модели):

22. Насадка — поролоновая щеточка Wip (для

деликатных поверхностей)

23. Насадка — кисточка Swip (для мебели)

24. Щелевая насадка

25. Насадка Delta Activ

26. Насадка Delta System

27. Шланг с рукояткой, механический регулятор

мощности.

28. Стандартная насадка с переключателем

пол/ковер

29. Телескопические или составные трубки

Фраза «В зависимости от модели» означает, что некоторые

модели пылесоса укомплектованы специальными

насадками, а для других моделей такие специальные

насадки можно приобрести по дополнительному заказу.

рyccкий

Новости дня в России и мире — РБК

На компьютеры нескольких госслужащих региона пытались установить программное обеспечения для добычи Monero, Bytecoin и Infinium-8

В правительстве Камчатского края была пресечена попытка установить на служебные компьютеры программное обеспечение для майнинга криптовалюты, сообщает местное издание «Кам 24». По информации издания, на учетные записи нескольких госслужащих попытались установить программное обеспечение для добычи Monero, Bytecoin и Infinium-8.

Попытку установки вредоносного ПО обнаружили специалисты регионального министерства цифрового развития. Они передали соответствующие материалы в управление ФСБ по Камчатскому краю.

В правительстве региона отметили, что вредоносное программное обеспечение могло поставить под угрозу безопасность информационно-коммуникационной сети правительства Камчатского края, в том числе создав опасность заражения компьютеров и серверного оборудования.

2 августа стало известно, что в офисе главного полицейского управления Польши, который находится в Варшаве, была обнаружена майнинг-ферма. Незаконной добычей криптовалюты занималось гражданское лицо — IT-специалист, которого уже уволили. В полицейском управлении заверили, что уволенный сотрудник не имел доступа к базам данных правоохранителей.

— Майнеры биткоина заработали в июле почти $1 млрд

— Хешрейт биткоина начал восстанавливаться. Что это значит

— Абхазия начала переговоры о поставках энергии из России для нужд майнеров

Больше новостей о криптовалютах вы найдете в нашем телеграм-канале РБК-Крипто.

Автор

Алексей Корнеев

Bugera V5 Infinium V5 INFINIUM Справочник Пользователя — Страница 1 из 8

5-Watt Class-A Tube Amplifi er Combo 
with INFINIUM Tube Life Multiplier, 
Original TURBOSOUND Speaker, 
Reverb and Power Attenuator

Guitar Amplifi ers

VINTAGE
V5 INFINIUM

Product Information Document

 

#

Hand-built 5-Watt Class-A 
amplifi er driven by 1 x EL84 tube

 

#

Revolutionary INFINIUM Tube Life 
Multiplier technology:

Extends the life of your amplifi er’s 
expensive power tubes up to 
20 times

Provides incredible reliability 
and consistent tone over the 
complete lifespan of your tubes

Monitors performance of the 
power tube continuously and 
displays defective tube to allow 
for easy replacement

 

#

Way cool vintage look and feel

 

#

World-famous, British engineered 
8″ TURBOSOUND speaker

 

#

Authentic preamp design from the 
’60s featuring 1 x 12AX7 tube—
everything from purring blues to 
mind-blowing crunch

 

#

Integrated high-defi nition reverb 
with dedicated Reverb control

 

#

Vintage Equalizer with dedicated 
Tone control

 

#

Built-in 2-way Power Attenuator 
allows you to get ultimate sound at 
any volume

 

#

3-Year Warranty Program*

 

#

Designed and engineered by 
BUGERA Germany

The timeless design and sound of the all-

tube amp has made its indelible mark 

on countless beloved tracks spanning 

the history of the electric guitar.  With the 

ultimate pursuit of those wonderfully 

saturated and buttery vintage tones in 

mind, we proudly present the VINTAGE 

V5 INFINIUM.

Sporting a gorgeous vintage look 

and feel, the V5 serves up 5 beautiful, 

tube-soaked, Class-A Watts in all your 

favorite fl avors through an amazing, class-leading 8″ TURBOSOUND speaker. 

Additionally, the VINTAGE V5 INFINIUM features an integrated high-defi nition 

Reverb; a built-in 2-way Power Attenuator, so you can achieve the ultimate 

sound at any volume – and an extremely versatile Vintage Equalizer with 

Tone control for sculpting the sound of your dreams. Enhancing the fl exibility 

of this do-it-all combo, our revolutionary INFINIUM Tube Life Multiplier 

Technology makes tube replacement incredibly simple – so you can spend 

more time playing your music.

Обзор лампового комбика Bugera V5 Infinium

Тип: ламповый гитарный усилитель combo (класс А) с ревербератором и аттенюатором мощности
Динамик: 8″ BUGERA 
Мощность: 5 Вт
ламповый предусилитель (дизайн из 60-х)
Лампы: 1 x 12AX7,  1 x EL84 
Эквалайзер с Tone контролем
Регуляторы: gain, tone, volume, reverb
Интегрированный ревербератор с контролем реверберации

Встроенный 2-полосный аттенюатор мощности
Высококачественные компоненты и исключительно надежная конструкция гарантируют долгий срок службы

Обзор №1

И так господа настал час моего обзора лампового комбика Bugera V5 Infinium! Я все же дождался данный девайс и скажу сразу что тестил его пол дня и обзор пока только по первым впечатлением. Возникнет вопрос почему так затянул и наверное предупрежу многих!

Заказ делал через магазин в своем городе да бы была гарантия и все такое и не ошибся ! Первый комбо пришел с браком ! Так что не рискуйте не заказывайте через интернет !!! И так начну. Покупка комбика Bugera V5 Infinium была обусловлена многими факторами . Хотелось не мощный комбарь для дома с ревером и конечно же лампу.

Наш рынок совсем нас этим не балует и вариантов практически нет! Но проведя длительное время в сети я все же нашел то, что искал Цена покупки Bugera V5 Infinium составила 9800р

1 Дизайн Bugera V5 Infinium. С ним все в порядке закос под винтаж мне пришелся по душе!

2 Функционал Bugera V5 Infinium.

По первым впечатлениям все тоже не плохо. Есть тембр, ревер, регулировка преампа и конечно же трех полосный аттенюатор.

3 Сборка Бугеры хорошая. Здесь все ровно. Хоть и китай.

4 Звук. Вот здесь есть о чем поговорить Господа металисты и любители хай гейна просьба уйти от экрана Т.к комбик Bugera V5 Infinium не для вас. На самом деле звук порадовал 8 дюймовый динамик вполне справляется со звуком.

Его мощность 30 ват при максимальных 5ват комбо. Ревер очень нежный (винтажный). НЕ ломает звук, а регулировка преампа просто чудо! Можно получать, как чистый так и хорошо подгруженый звук причем выбрав атенюатором минимальную мощность можно вполне наслаждаться ламповым звучанием не мешая родным и близким Конечно же меня заинтересовал вопрос дружбы комбо Bugera V5 с педалями, но здесь не произошло ничего страшного.

Воткнув овердрайв, комбо красиво запел. После пришлось воткнуть дисторшин О чудо ни какого песка ! В общем пока наверное все, продолжаю тестить дальше. Пока только хорошие впечатления!

Обзор №2

Название инструмента / устройства: Bugera V5
Цена покупки: 307$ с доставкой по РФ до города
Средняя цена: 300$

Звук: 7/10 хороший чистый звукан, так же подгруженный без грелки, мне хватает, я митол не играю, но ловит радио на сингле и отсечке, если прибавить гейна, естественно фонит на положениях тон на 3 часа, гейн на 1, ну и звук на 4, чего не замечено на хамбакере, радио тоже перестает ловить, хотя гитар экранирован, наверное это бритиш саунд для дома, но произведено в Китае. Мне кстати звук в наушниках больше по вкусу, чем через динамик.

Качество сборки / изготовления: 8/10 cделано добротно, кож зам, толстый деревянный корпус со стенками в 1,8 см и 1 см добор за динамиком, есть признаки клея, но только в одном месте, лампы как и начинка защищены металлическими корпусами.

Внешний вид / дизайн: 10/10 винтаж
Особенности и функциональность: 9/10 аттенюатор мощности 5, 1, 0,1 w очень удобно, реверберация, выход на наушники.
Соотношение цена/качество (суммарный рейтинг): покупка оправдана на 8, т.к. деньги на VOX Lil Night Train я пропил

Обзор №3

Отделанный классическим двухцветным виниловым покрытием, с одноламповым предварительным усилителем, одноламповым усилителем мощности и необремененной избыточной сложностью системой управления, Bugera V5 выглядит как некий ностальгический экскурс в прошлое. И в значительной части, это, фактически, так и есть.

Но, подключив свой инструмент к этому небольшому и стильно оформленному комбоусилителю, вы обнаружите в нем не только способность превосходно воспроизводить традиционный классический звук гитары, но и ряд возможностей достигать ультрасовременного звучания с качеством, доступным далеко не всем гитарным усилителям значительно более крупного формата.

«Большой звук в маленькой упаковке» — эта фраза очень точно характеризует главное и наиболее ценное свойство этого бейби-усилителя. Согласитесь, что, несмотря на прочно утвердившееся мнение о том, что в роли чуть-ли не главного атрибута рок-музыки всегда выступают громадные усилители, составляемые в небоскребоподобные стэки и, кстати говоря, со временем приводящие к невосстановимым повреждениям слухового аппарата, для настоящего музыканта важен, прежде всего, характер и качество звучания его инструмента.

А в определенных ситуациях, таких как запись в небольшой студии, или в условиях домашних занятий, усилитель размером с хороший комод, скорее всего будет выглядеть чем-то подобным «чемодану без ручки» (помните? — «и тяжело нести, и выбросить жалко»). В этих случаях, более чем компактный Bugera V5, с его «раскаляющимся до красна» овердрайвом, будет как нельзя более кстати.

Обладая очень живым и буквально «дышащим» характером, V5 наверняка придется по душе и тем гитаристам, которые по-настоящему умеют ценить естественность звучания своей гитары. В добавок к этому, с его, казалось бы, скромной мощностью, в небольших помещениях этот усилитель звучит просто дьявольски громко. Учитывая это свойство V5 и понимая, что в ряде случаев такое звуковое давление будет явно избыточным, разработчики Bugera интегрировали в конструкцию его оконечного каскада трехпозиционный аттенюатор, дающий возможность переключать мощность усилителя между режимами 0.1W, 1W и 5W.

Эта конструктивная особенность V5 позволяет уменьшать амплитуду выходного сигнала, не приводя, при этом, к каким-либо заметным потерям в его качестве, что, как вы сами понимаете, дает вам возможность заниматься на качественном звуке в любом месте и в любое время, не вызывая раздражения ваших соседей или домочадцев.

Когда же у вас возникнет необходимость полностью изолировать звук усилителя от окружающей среды, под рукой всегда будет качественно звучащий выход для подключения наушников, что встречается далеко не во всех полностью ламповых усилителям из-за неизбежного возниковения, в этом случае, таких технических сложностей, как необходимость включения в их конструкцию дополнительного выходного трансформатора и фильтра, эмулирующего звучание динамиков. Подключите хорошие наушники к соответствующему разъему Bugera V5, и вы услышите в них тот же звук, который только что слышали из его динамика.

Еще одной интересной особенностью Bugera V5 является его 30-ваттный 8-дюймовый динамик. Это — своего рода гарантия и его, практически, неограниченного запаса прочности, и отсутствия какой-либо вероятности возникновения искажений звука механического характера, связанных с нештатными деформациями диффузора, при игре на предельных значениях мощности усилителя.

А если вам потребуется больше громкости, вы всегда сможете использовать с Bugera V5 внешнюю акустическую систему с большим динамиком, которую можно подключить к специально предназначенному для этого разъему 1/4″ джека, расположенному на задней панели.

Очень органичным дополнением к уже перечисленным достоинствам нашего героя служит и цифровой ревербератор по-настоящему студийного калибра с буквально завораживающе классическим звучанием, которе обычно так высоко ценится истинными приверженцами традиционной гитарной рок-музыки.

This coin — Жить This coin цена и рыночная капитализация

Рейтинг Рынка:

This coin — Жить This coin цена и рыночная капитализация

Полное имя

Infinium-8 (INF8)

алгоритм

HybridScryptHash356

Все добыденные монеты

Share Infinium-8 (INF8) Price
Прочтите Отказ от ответственности : Весь контент, представленный на нашем сайте, гиперссылки, связанные приложения, форумы, блоги, учетные записи социальных сетей и другие платформы («Сайт») предназначен только для вашей общей информации, приобретенной у сторонних источников. Мы не предоставляем никаких гарантий в отношении нашего контента, включая, но не ограничиваясь, точность и обновление. Никакая часть содержания, которое мы предоставляем, представляет собой финансовый совет, юридическую консультацию или любую другую форму совета, предназначенную для вашей конкретной опоры для любых целей. Любое использование или доверие к нашему контенту осуществляется исключительно на свой страх и риск. Вы должны провести собственное исследование, просмотреть, проанализировать и проверить наш контент, прежде чем полагаться на них. Торговля — очень рискованная деятельность, которая может привести к серьезным потерям, поэтому проконсультируйтесь с вашим финансовым консультантом, прежде чем принимать какие-либо решения. Никакое содержание на нашем Сайте не предназначено для запроса или предложения

Infinium-8 — Обзор — BitcoinWiki

Это утвержденная версия данной страницы, а также самая последняя.

Понравилась статья? Поделиться:

Infinium-8 ( INF8 ) — это монета, которая использует протокол CryptoNote и уделяет особое внимание конфиденциальности пользователя. Он был создан с целью стать взаимозаменяемым и неотслеживаемым цифровым средством обмена. Разработчики пообещали, что он будет иметь более высокую степень анонимности, чем Биткойн или любой из его форков, благодаря реализации протокола CryptoNote.Infinium-8 был анонсирован 17 июля 2014 года на форуме Bitcointalk и запущен 18 июля 2014 года.

Обзор Infinium-8 [править]

Разработчики

Infinim-8 в качестве основных преимуществ своей криптовалюты назвали следующие особенности:

  • Неотслеживаемые платежи
  • Несвязанные транзакции
  • Устойчивость к анализу цепочки блоков
  • Адаптивные параметры

Большинство следующих функций напрямую связаны с реализацией протокола CryptoNote.40, так что награда за блок Infinium-8 увеличивается вместе со сложностью, но намного медленнее, чем сложность: чтобы добавить 1 монету к награде за блок, сложность должна быть увеличена вдвое. На момент написания этой статьи официальный сайт Infinium-8 — http://www. infinium-8.org не был активен, последняя фиксация исходного кода произошла в день запуска монеты, основные криптовалютные биржи это сделали. не предоставлять с ним операций, и он не указан на сайте coinmarketcap.com. Поскольку у Infinium-8 нет объявленных работ по восстановлению и нет команды энтузиастов для работы над этим, эту криптовалюту можно считать мертвой.

Протокол CryptoNote [править]

CryptoNote — это технология, которая была разработана, чтобы стать основой для разработки не отслеживаемых криптовалют с упором на безопасность и конфиденциальность транзакций. Намеченный эффект был достигнут за счет внедрения кольцевых подписей, защиты от двойных расходов и эгалитарного доказательства выполнения работы. Благодаря упомянутым функциям CryptoNote смог предложить несвязанные транзакции, неотслеживаемые платежи, устойчивость к анализу блокчейна и другие функции, которые преследовала команда Infinium-8.Первой криптовалютой, которая приняла CryptoNote, была Bytecoin . Разработчики команды Bytecoin реализовали алгоритм хеширования CryptoNight, который был построен на ядре протокола CryptoNote и разработал одну из самых безопасных, адаптивных и ориентированных на анонимность криптовалют на то время. ByteCoin собрал положительные отзывы от сообщества блокчейнов, стал базой для нескольких форков, включая Infinium-8, и остается одним из лучших криптовалют на рынке. Другие известные примеры криптовалют на основе CryptoNote включают Monero, Boolberry и QuazarCoin.CryptoNote сначала был разработан на Java для более быстрого запуска, а затем переписан на C ++ в 2013 году, его код с открытым исходным кодом представлен на GitHub.

Кошельки [править]

Infinium-8 не имеет собственного кошелька, поэтому пользователям следует использовать простой кошелек для добычи и хранения монет INF8. SimpleWallet можно запустить на GitHub как веб-страницу или загрузить на локальный диск для запуска в браузере.

Майнинг

Infinium-8 может осуществляться как в одиночку, так и с помощью пулов. Однако ссылки на пулы для майнинга, которые упоминаются на странице объявления Infinium-8 (Xmining, Extreme Pool, Yaymining), не реагируют и не активны.Инструкция о том, как начать майнинг в одиночку, доступна на анонсе Infinium-8 и состоит из следующих шести шагов:

  1. Прежде всего, вы должны скачать или скомпилировать двоичные файлы
  2. Потом запускаете infiniumd.exe
  3. После того, как сеть будет синхронизирована, вы получите уведомление с сообщением «SYNCHRONIZED OK».
  4. Затем вы запускаете simplewallet и создаете новый кошелек или открываете существующий.
  5. Тип: «start_mining% number_of_threads%.» Пример: «start_mining 3»
  6. Вы также можете начать майнинг из демона с помощью команды «start_mining% wallet_address%% number_of_threads%».Пример: «start_mining inf8U2kpouwiAr2cMLHsTqVijc 6»

Пользователь BitcoinTalk под ником Nimos написал на странице объявления Infinium-8, что он рассматривает возможность помощи в разработке INF8. Он написал, что может использовать основной код Infinium-8 и провести ребрендинг, добавив новые функции, изменив логотип / имя, построив графический интерфейс для кошелька и т. Д. Однако в последний раз Nimos был активен на BitcoinTalk 14 февраля 2015 года.

Источники: [править]

См. Также на BitcoinWiki [править]

Infinium (INF) — цены на прямые трансляции и рыночная капитализация

Infinium (INF) — цены на прямые трансляции и рыночная капитализация

CryptoCompare требует включения JavaScript для работы.

Следуйте этим инструкциям, чтобы активировать и включить JavaScript в Chrome .

ПК

  1. Справа от адресной строки щелкните значок с 3 горизонтальными линиями, расположенными друг над другом .
  2. В раскрывающемся меню выберите Настройки .
  3. Внизу страницы щелкните ссылку Показать дополнительные настройки… .
  4. В разделе Privacy нажмите кнопку Content settings… .
  5. Под заголовком JavaScript выберите переключатель Разрешить всем сайтам запускать JavaScript .
  6. Наконец, обновите вашего браузера.

MAC

  1. Выберите Chrome на панели Apple / System в верхней части экрана.
  2. Выберите Preferences … из раскрывающегося меню.
  3. В левом столбце выберите Настройки из списка.
  4. Внизу страницы щелкните ссылку Показать дополнительные настройки… .
  5. В разделе Privacy нажмите кнопку Content settings… .
  6. Под заголовком JavaScript выберите переключатель Разрешить всем сайтам запускать JavaScript .
  7. Наконец, обновите вашего браузера.

{{displayPrice}} {{selectedCurrency. DATA.TOSYMBOL}}

Продажа начинается в

Распродажа закончится через

{{getFollowersFormattedNumber ()}} подписчиков

+ Портфолио

{{портфолиоSummary.getCurrentHoldingsDisplay ()}} = {{getTotalCurrentHoldingsValue ()}}

CryptoCompare требуется более новый браузер для работы.
Воспользуйтесь одним из указанных ниже браузеров:

Infinium-dev / Infinium: исходный код криптовалюты Infinium-8

Около

Добро пожаловать в репозиторий Infinium.Здесь вы найдете исходный код, инструкции, вики-ресурсы и руководства по интеграции.

Это новая версия сети Infinium, если вы хотите найти старую версию сети Infinium, вы можете здесь

Содержание

  • Создание на базе 64-разрядной версии Linux
  • на базе Mac OSX
  • Построение на Windows
  • Строительство на других платформах

Сборка в 64-разрядной версии Linux

Все приведенные ниже команды работают в Ubuntu 18. *, для других дистрибутивов может потребоваться другой набор команд.

Здание со стандартными опциями

Создайте где-нибудь каталог infdev и перейдите туда:

  $> мкдир инфдев
$> cd infdev
  

Чтобы двигаться дальше, у вас должен быть ряд пакетов и утилит. Вам нужен как минимум gcc 5.4.

  • build-essential пакет:

      $ infdev> sudo apt-get install build-essential
      
  • CMake (3.0 или новее):

      $ infdev> sudo apt-get install cmake
    $ infdev> cmake --version
      

    Если версия слишком старая, следуйте инструкциям на официальном сайте.

  • Boost (1.65 или новее): Мы используем boost как библиотеку только для заголовков через пакет find_boost. Итак, если в вашей системе установлено и настроено ускорение, оно будет использоваться автоматически.

    Примечание — в boost :: asio 1.66 есть ошибка, которая влияет на infiniumd . Используйте версию 1.65 или 1.67+.

      $ infdev> sudo apt-get install libboost-dev
      

    Если последний установленный буст слишком старый (например, для Ubuntu 16. *), вам необходимо загрузить и распаковать буст в папку infdev / boost .

      $ infdev> wget -c 'https://dl.bintray.com/boostorg/release/1.69.0/source/boost_1_69_0.tar.gz'
    $ infdev> tar -xzf ./boost_1_69_0.tar.gz
    $ infdev> rm ./boost_1_69_0.tar.gz
    $ infdev> mv ./boost_1_69_0/ ./boost/
      
  • OpenSSL (1.1.1 или новее): Установите OpenSSL в папку infdev / openssl . (В командах ниже используйте переключатель linux-x86_64-clang вместо linux-x86_64 при использовании clang.)

      $ infdev> git clone https: // github.com / openssl / openssl.git
    $ infdev> cd openssl
    $ infdev / openssl> ./ Настроить linux-x86_64 без общего доступа
    $ infdev / openssl> сделать -j4
    $ infdev / openssl> cd ..
      
  • LMDB На исходные файлы ссылаются через относительные пути, поэтому вам не нужно создавать его отдельно: Обратите внимание, мы используем LMDB только при сборке 64-битных демонов. Для 32-битных демонов вместо него используется SQLite.

    Отличие от официального репозитория LMDB — это ограничение на 2 ГБ базы данных, если оно построено MSVC (даже на 64-битной машине).

      $ infdev> git clone https://github.com/Infinium-dev/lmdb.git
    
      

Git-clone (или git-pull) Исходный код Infiniumd в этой папке:

  $ infdev> git clone https://github.com/Infinium-dev/Infinium.git
  

Создайте каталог сборки внутри Infinium, перейдите туда и запустите CMake и Make:

  $ infdev> mkdir -p Infinium / build
$ infdev> компакт-диск Infinium / build
$ infdev / Infinium / build> cmake ..
$ infdev / Infinium / build> make -j4
  

Проверьте собранные двоичные файлы, запустив их с ../bin папка

  $ infdev / Infinium / build> ../bin/Infiniumd -v
  

На основе Mac OSX

Здание со стандартными опциями (10.11 El Capitan или новее)

Вам нужны инструменты командной строки. Либо получите XCode из App Store, либо запустите xcode-select —install в терминале и следуйте инструкциям. Прежде всего, вам понадобится Homebrew.

Затем откройте терминал и установите CMake и Boost:

  • brew установить cmake
  • brew install boost

Создайте каталог infdev где-нибудь и перейдите туда:

  $ ~ / Загрузки> mkdir infdev
$ ~ / Загрузки> cd infdev
  

Git-clone (или git-pull) исходный код Infinium в этой папке:

  $ infdev> git clone https: // github.com / Infinium-dev / Infinium.git
  

Поместите исходный код LMDB в папку infdev (исходные файлы ссылаются на относительные пути, поэтому вам не нужно создавать его отдельно):

  $ ~ / Downloads / infdev> git clone https://github.com/Infinium-dev/lmdb.git
  

Установите OpenSSL в папку infdev / openssl :

  $ ~ / Downloads / infdev> git clone https://github.com/openssl/openssl.git
$ ~ / Downloads / infdev> cd openssl
  

Если вам нужны двоичные файлы для работы во всех версиях OS X, начиная с El Capitan, вам необходимо создать OpenSSL, ориентированный на El Capitan SDK.

  $ ~ / Downloads / infdev / openssl> ./ Настройте darwin64-x86_64-cc no-shared -mmacosx-version-min = 10.11 -isysroot / Users / user / Downloads / MacOSX10.11.sdk
  

В противном случае просто используйте

  $ ~ / Downloads / infdev / openssl> ./ Настроить darwin64-x86_64-cc без общего доступа
  
  $ ~ / Загрузки / infdev / openssl> make -j4
$ ~ / Загрузки / infdev / openssl> cd ..
  

Загрузите объединенный SQLite 3 и распакуйте его в папку infdev / sqlite (ссылки на исходные файлы указываются по относительным путям, поэтому вам не нужно создавать его отдельно).Обратите внимание, что прямая ссылка для скачивания периодически обновляется, старые версии удаляются, поэтому вам может потребоваться настроить инструкции ниже

.
  $ ~ / Downloads / infdev> wget -c https://www.sqlite.org/2018/sqlite-amalgamation-3260000.zip
$ ~ / Downloads / infdev> распаковать sqlite-amalgamation-3260000.zip
$ ~ / Загрузки / infdev> rm sqlite-amalgamation-3260000.zip
$ ~ / Загрузки / infdev> mv sqlite-amalgamation-3260000 sqlite
  

Создайте каталог сборки внутри Infinium, перейдите туда и запустите CMake и Make:

  $ ~ / Загрузки / infdev> mkdir Infinium / build
$ ~ / Загрузки / infdev> компакт-диск Infinium / build
$ ~ / Downloads / infdev / Infinium / build> cmake..
$ ~ / Загрузки / infdev / Infinium / build> make -j4
  

Проверьте собранные двоичные файлы, запустив их из папки ../bin :

  $ infdev / Infinium / build> ../bin/Infiniumd -v
  

Построение на Windows

Вам потребуется Microsoft Visual Studio Community 2017. Загрузите и установите его, выбрав пакеты C ++ , git , , интеграция с cmake, . Запустите командную строку Visual Studio x64 из меню «Пуск».

Создать каталог infdev где-нибудь:

  $ C: \> mkdir infdev
$ C: \> cd infdev
  

Boost (1.65 или новее): Мы используем boost как библиотеку только для заголовков через пакет find_boost. Итак, если в вашей системе установлено и настроено ускорение, оно будет использоваться автоматически. Если нет, вам нужно скачать и распаковать boost в папку infdev / boost.

Git-clone (или git-pull) исходный код Infinium в этой папке:

  $ C: \ infdev> git clone https://github.com/Infinium-dev/Infinium.git
  

Поместите LMDB в ту же папку (исходные файлы ссылаются на относительные пути, поэтому вам не нужно создавать его отдельно):

  $ C: \ infdev> git clone https: // github.com / Infinium-dev / lmdb.git
  

Загрузите объединенный SQLite 3 и распакуйте его в ту же папку (ссылки на исходные файлы указываются по относительным путям, поэтому вам не нужно создавать его отдельно).

Вам нужно собрать openssl, сначала установить ActivePerl (выберите опцию «добавить в PATH», затем перезапустите консоль):

  $ C: \ infdev> git clone https://github.com/openssl/openssl.git
$ C: \ infdev> cd openssl
$ C: \ infdev \ openssl> perl Настроить VC-WIN64A no-shared no-asm
$ C: \ infdev \ openssl> nmake
$ C: \ infdev \ openssl> компакт-диск..
  

Если вы хотите создать 32-разрядные двоичные файлы, вам также потребуется 32-разрядная сборка openssl в отдельной папке (настройка файлов заголовков openssl изменяет, поэтому нет возможности иметь одновременно 32-разрядную и 64-разрядную версии. папка):

  $ C: \ infdev> git clone https://github.com/openssl/openssl.git openssl32
$ C: \ infdev> cd openssl32
$ C: \ infdev \ openssl> perl Настроить VC-WIN32 no-shared no-asm
$ C: \ infdev \ openssl> nmake
$ C: \ infdev \ openssl> cd ..
  

Теперь запустите Visual Studio, в меню «Файл» выберите Открыть папку , выберите папку C: \ infdev \ Infinium .Подождите, пока CMake завершит работу и в главном меню появится Build . Выберите x64-Debug или x64-Release на стандартной панели инструментов, а затем Build / Build Solution в главном меню.

Здание с опциями

Вы можете создавать демонов, использующих SQLite вместо LMDB на любой платформе, предоставляя опции для CMake. Вам может потребоваться очистить папку build, если вы раньше создавали с параметрами по умолчанию, из-за агрессивного кеширования cmake.

  $ Infinium / build> cmake -DUSE_SQLITE = 1..
$ Infinium / build> время make -j8
  

Создание на 32-битных платформах x86, iOS, Android и других платформах ARM

Infinium работает в 32-битных системах, если вместо LMDB используется SQLite (мы столкнулись с множеством проблем при сборке и запуске с lmdb в 32-битном режиме совместимости, особенно на iOS).

Мы создаем официальную 32-разрядную версию x86 только для Windows, поскольку 32-разрядная версия для Linux или Mac не востребована.

Создание исходного кода для iOS, Android, Raspberry PI и т. Д. Возможно (у нас есть экспериментальные Infiniumd и walletd , работающие на ARM64 iPhone), но это требует серьезных навыков с вашей стороны. TBD

Построение на платформах Big-Endian

В настоящее время infinium не работает «из коробки» на любой платформе с прямым порядком байтов из-за некоторого кода, зависящего от порядка байтов. Это может быть исправлено в будущем. Если вы хотите работать на платформе Big-Endian, свяжитесь с нами.

Здание с параметрами

Если вы хотите использовать такие инструменты, как clang-tidy , запустите cmake -DCMAKE_EXPORT_COMPILE_COMMANDS = ON .. вместо cmake ..

Создание демонов с поддержкой аппаратного кошелька в 64-разрядной версии Linux

  1. Клонируйте репозиторий trezor-core в ту же папку, где находится infinium .
  2. Установите все материалы Google protobuf:
  sudo apt установить protobuf-compiler libprotobuf-dev
  
  1. Если ваша версия библиотеки буферов прототипа не 3.0.0 , вам следует запустить protoc на файлах прототипов в trezor-core / vendor / trezor-common / protob , перезаписав infinium / src / Core / hardware / Трезор / Протоб .
  2. Очистите папку infinium / build , если вы уже собирали исходный код Infinium ранее.

Конвейеры и пакеты анализа для Infinium HumanMethylation 450 BeadChip (450k) данные

Обзор

DOI: 10.1016 / j.ymeth.2014.08.011. Epub 2014 16 сентября.

Принадлежности Расширять

Принадлежности

  • 1 UCL Cancer Institute, University College London, London WC1E 6BT, UK.Электронный адрес: [email protected].
  • 2 Институт рака UCL, Университетский колледж Лондона, Лондон, WC1E 6BT, Великобритания.
Бесплатная статья PMC

Элемент в буфере обмена

Обзор

Тиффани Дж. Моррис и др. Методы..

Бесплатная статья PMC Показать детали Показать варианты

Показать варианты

Формат АннотацияPubMedPMID

DOI: 10.1016 / j.ymeth.2014.08.011. Epub 2014 16 сентября.

Принадлежности

  • 1 UCL Cancer Institute, University College London, London WC1E 6BT, UK. Электронный адрес: [email protected].
  • 2 Институт рака UCL, Университетский колледж Лондона, Лондон, WC1E 6BT, Великобритания.

Элемент в буфере обмена

Полнотекстовые ссылки Опции CiteDisplay

Показать варианты

Формат АннотацияPubMedPMID

Абстрактный

Illumina HumanMethylation450 BeadChip стала популярной платформой для исследования метилирования ДНК в исследованиях эпигеномных ассоциаций (EWAS) и связанных с ними проектах, а также в ресурсах, таких как Международный консорциум генома рака (ICGC) и Международный консорциум эпигенома человека (IHEC).Это привело к экспоненциальному увеличению данных до 450 тыс. В последние годы и послужило толчком к развитию многочисленных конвейеров интегрированного анализа и автономных пакетов. В этом обзоре будут представлены и обсуждены самые популярные в настоящее время конвейеры и пакеты, и он особенно нацелен на новых 450 тыс. Пользователей.

Ключевые слова: 450k BeadChip; Конвейеры анализа; Метилирование ДНК; EWAS; Эпигенетика; Метилирование человека 450.

Авторские права © 2014 Авторы. Опубликовано Elsevier Inc. Все права защищены.

Цифры

Рис.1

Популярные конвейеры для анализа 450 тыс. С…

Рис.1

Популярные конвейеры анализа 450 тыс. С соответствующими опциями модулей.

рисунок 1

Популярные конвейеры анализа 450 тыс. С соответствующими опциями модулей.

Похожие статьи

  • Полный конвейер для обработки данных Infinium (®) Human Methylation 450K BeadChip с использованием квантильной нормализации подмножества для точной оценки метилирования ДНК.

    Тулеймат Н, Тост Дж. Touleimat N, et al. Эпигеномика. 2012 июн; 4 (3): 325-41. DOI: 10.2217 / epi.12.21. Эпигеномика. 2012 г. PMID: 226

  • Последовательный подход к анализу чипа Illumina HumanMethylation450 BeadChip улучшает качество данных и производительность в исследованиях ассоциаций на уровне всего эпигенома.

    Лене Б., Дронг А. В., Ло М., Чжан В., Скотт В. Р., Тан С. Т., Афзал Ю., Скотт Дж., Джарвелин М. Р., Эллиотт П., Маккарти М. И., Кунер Дж. С., Чемберс Дж.Лене Б. и др. Genome Biol. 2015 15 февраля; 16 (1): 37. DOI: 10.1186 / s13059-015-0600-х. Genome Biol. 2015 г. PMID: 25853392 Бесплатная статья PMC.

  • oxBS-450K: метод анализа гидроксиметилирования с использованием 450K BeadChips.

    Стюарт С.К., Моррис Т.Дж., Гилхамон П., Булстроуд Х., Бахман М., Баласубраманиан С., Бек С. Стюарт С.К. и др. Методы. 2015 15 января; 72: 9-15.DOI: 10.1016 / j.ymeth.2014.08.009. Epub 2014 28 августа. Методы. 2015 г. PMID: 25175075 Бесплатная статья PMC.

  • Полный обзор обработки данных Infinium HumanMethylation450.

    Dedeurwaerder S, Defrance M, Bizet M, Calonne E, Bontempi G, Fuks F. Dedeurwaerder S, et al. Краткий биоинформ. 2014 ноя; 15 (6): 929-41. DOI: 10.1093 / bib / bbt054. Epub 2013 29 августа.Краткий биоинформ. 2014 г. PMID: 239

    Бесплатная статья PMC. Обзор.

  • Улучшенная фильтрация данных микроматрицы метилирования ДНК за счет определения значений p и их влияния на последующий анализ.

    Heiss JA, Just AC. Heiss JA, et al. Clin Epigenetics. 24 января 2019; 11 (1): 15. DOI: 10.1186 / s13148-019-0615-3. Clin Epigenetics. 2019. PMID: 30678737 Бесплатная статья PMC.Обзор.

Процитировано

49 статей
  • Метилирование промотора CYP1A1 и VKORC1, связанное со стабильной дозировкой варфарина у китайских пациентов.

    Хэ С, У И, Янь С, Лю Дж, Чжао Л., Се Х, Ге С, Е Х. He S, et al. PeerJ. 2021, 22 июня; 9: e11549.DOI: 10.7717 / peerj.11549. Электронная коллекция 2021 г. PeerJ. 2021 г. PMID: 34221714 Бесплатная статья PMC.

  • Паномика: новые базы данных для развития кардиологии.

    Вакили Д., Раденкович Д., Чавла С., Бхатт Д.Л. Вакили Д. и др. Front Cardiovasc Med. 2021 10 мая; 8: 587768. DOI: 10.3389 / fcvm.2021.587768. Электронная коллекция 2021 г. Front Cardiovasc Med. 2021 г. PMID: 34041278 Бесплатная статья PMC.Обзор.

  • Об оптимистической оценке эффективности вновь вводимых биоинформатических методов.

    Buchka S, Hapfelmeier A, Gardner PP, Wilson R, Boulesteix AL. Бучка С. и др. Genome Biol. 2021 11 мая; 22 (1): 152. DOI: 10.1186 / s13059-021-02365-4. Genome Biol. 2021 г. PMID: 33975646 Бесплатная статья PMC.

  • Эпигенетическая регуляция клаудина-1 в развитии рецидива рака яичников и лекарственной устойчивости.

    Visco ZR, Sfakianos G, Grenier C, Boudreau MH, Simpson S, Rodriguez I, Whitaker R, Yao DY, Berchuck A, Murphy SK, Huang Z. Visco ZR и др. Фасад Онкол. 2021 22 марта; 11: 620873. DOI: 10.3389 / fonc.2021.620873. Электронная коллекция 2021 г. Фасад Онкол. 2021 г. PMID: 33828978 Бесплатная статья PMC.

  • Исследование ассоциации с ранним началом большой депрессии у монозиготных близнецов на уровне всего эпигенома.

    Роберсон-Най Р., Лапато Д.М., Волен А.Р., Ланкастер Е.Е., Уэбб Б.Т., Ферхульст Б., Хеттема Дж.М., Йорк Т.П. Роберсон-Най Р. и др. Перевод Психиатрия. 2020 25 августа; 10 (1): 301. DOI: 10.1038 / s41398-020-00984-2. Перевод Психиатрия. 2020. PMID: 32843619 Бесплатная статья PMC.

использованная литература

    1. Бок К.Nat. Преподобный Жене. 2012; 13: 705–719. — PubMed
    1. Бибикова М. Геномика. 2011; 98: 288–295. — PubMed
    1. Сандовал Дж.Эпигенетика. 2011; 6: 692–702. — PubMed
    1. Ракян В.К. Nat. Преподобный Жене. 2011; 12: 529–541. — ЧВК — PubMed
    1. Михельс К.B. Nat. Методы. 2013; 10: 949–955. — PubMed

Показать все 62 ссылки

Типы публикаций

  • Поддержка исследований, за пределами США. Правительство

Условия MeSH

  • Анализ последовательности олигонуклеотидного массива / методы *

LinkOut — дополнительные ресурсы

  • Источники полных текстов

  • Другие источники литературы

[Икс]

цитировать

Копировать

Формат: AMA APA ГНД NLM

An Infinium HumanMethylation450 Beadchip Analyzer

Abstract

Метилирование ДНК жизненно важно для многих важных биологических процессов и болезней человека.Illumina Infinium HumanMethylation450 Beadchip — это недавно разработанная платформа, изучающая состояние метилирования ДНК по всему геному на более чем 480 000 сайтов CpG и нескольких сайтах CHG с высоким качеством данных. Чтобы проанализировать данные этой многообещающей платформы, мы разработали FastDMA, который можно использовать для идентификации существенно дифференциально метилированных зондов. Помимо анализа одного зонда, FastDMA может также выполнять анализ на основе области для идентификации дифференциально метилированной области (DMR). Единая статистическая модель, анализ ковариации (ANCOVA), используется для выполнения всех анализов в FastDMA.Мы применяем FastDMA к трем крупномасштабным наборам данных о метилировании ДНК из Атласа генома рака (TCGA) и находим множество дифференциально метилированных геномных сайтов при различных типах рака. На тестовых наборах данных FastDMA показывает гораздо более высокую вычислительную эффективность, чем существующие инструменты. FastDMA может принести пользу при анализе данных крупномасштабных исследований метилирования ДНК с интегративным конвейером и высокой вычислительной эффективностью. Программное обеспечение находится в свободном доступе по адресу http://bioinfo.au.tsinghua.edu.cn/software/fastdma/.

Образец цитирования: Wu D, Gu J, Zhang MQ (2013) FastDMA: анализатор микросхем Infinium HumanMethylation450. PLoS ONE 8 (9): e74275. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0074275

Редактор: Кай Ван, Университет Южной Калифорнии, Соединенные Штаты Америки

Поступила: 29 марта 2013 г .; Одобрена: 30 июля 2013 г .; Опубликован: 5 сентября 2013 г.

Авторские права: © 2013 Wu et al.Это статья в открытом доступе, распространяемая в соответствии с условиями лицензии Creative Commons Attribution License, которая разрешает неограниченное использование, распространение и воспроизведение на любом носителе при условии указания автора и источника.

Финансирование: Эта работа поддержана Национальной программой фундаментальных исследований Китая 2012CB316503 и Национальным фондом естественных наук Китая №№016, 31061160497 и 61005040. Спонсоры не играли никакой роли в дизайне исследования, сборе и анализе данных, решении о публикации , или подготовка рукописи.

Конкурирующие интересы: Авторы заявили об отсутствии конкурирующих интересов.

Введение

Метилирование ДНК — важный тип эпигенетической модификации генома человека. Функция метилирования ДНК традиционно описывается как метка молчания [1]. Недавние исследования показывают, что метилирование ДНК играет более сложные роли в структуре хроматина и регуляции транскрипции [2]. Метилирование ДНК очень динамично, но находится под строгим контролем во время развития [3], [4].В то время как при заболеваниях человека, особенно при раке, состояния метилирования ДНК обычно значительно нарушены, и эти изменения тесно связаны с признаками рака [5] — [7].

Существует четыре популярных метода определения состояния метилирования ДНК по всему геному: бисульфитное секвенирование всего генома [8], массив метилирования [9], бисульфитное секвенирование с уменьшенным представлением [10] и метод на основе обогащения [11]. Infinium HumanMethylation450 Beadchip — это недавно разработанная платформа массива метилирования, которая обнаруживает более 480 000 сайтов цитозина по всему геному человека.Он охватывает большинство эталонных генов и демонстрирует высокую воспроизводимость данных между техническими повторами. Из-за более низкой стоимости и более простого экспериментального протокола эта платформа считается подходящей для крупномасштабных исследований [12]. Программа «Атлас генома рака» (TCGA), цель которой — предоставить исчерпывающие молекулярные портреты всех типов рака, уже использовала эту платформу для профилирования состояний метилирования ДНК в сотнях клинических образцов [13], [14].

Здесь мы предлагаем наше недавно разработанное программное обеспечение FastDMA, чтобы помочь исследователям анализировать данные, генерируемые этой платформой, особенно для больших или клинических наборов данных.FastDMA использует унифицированную статистическую модель, ковариационный анализ (ANCOVA), для выполнения как анализа одного зонда, так и сканирования дифференциально метилированных областей (DMR). Технически FastDMA реализован как отдельное программное обеспечение на C ++, которое можно легко распространять и развивать. Кроме того, используя технику параллельных вычислений, он может работать с крупномасштабными наборами данных с очень высокой вычислительной эффективностью.

Эта статья организована следующим образом: в разделе «Методы» мы описали рабочий процесс, вычислительную модель и программную реализацию FastDMA.В разделе «Результаты» мы сначала применили FastDMA к трем крупномасштабным наборам данных из TCGA по инвазивной карциноме груди (BRCA), аденокарциноме легкого (LUAD) и аденокарциноме простаты (PRAD). Затем мы сравнили FastDMA с недавно опубликованным программным обеспечением IMA [15] как на правильность, так и на производительность вычислений. Наконец, мы обсудили основные преимущества программного обеспечения и его ограничения, ожидающие дальнейшего развития.

Методы

Обзор

Рабочий процесс FastDMA показан на рисунке 1.FastDMA может выполнять нормализацию данных и поддерживать анализ данных как по отдельным зондам, так и по регионам. Вход FastDMA обычно представляет собой матрицу данных, обработанную из исходного сигнала флуоресценции, содержащую значение бета (значение, указывающее уровень метилирования ДНК, между 0 ~ 1) и значение p-обнаружения (значение, указывающее, является ли сигнал правдоподобным или нет). ) каждого зонда на микросхеме. Для выходных данных FastDMA сгенерировал удобочитаемые текстовые файлы с ограничением по таблицам и отформатированные файлы BED, совместимые с визуализацией UCSC Genome Browser.

За исключением сравнения случай-контроль, обычно требуется сравнение нескольких групп. Например, необходимо сравнить уровни метилирования ДНК в трех группах, если мы хотим идентифицировать дифференциально метилированные сайты среди нормальных, первичных опухолей и образцов метастазов. Кроме того, следует также учитывать другие клинические сопеременные (такие как пол, возраст и т. Д.), А не групповые ярлыки. Чтобы справиться с этими проблемами в единой структуре, FastDMA использовал ANCOVA в качестве основной статистической модели, обобщенную линейную модель, сочетающую ANOVA и регрессию.

Для ясного представления статистической модели мы обозначили некоторые переменные следующим образом. Набор данных содержит n групп, G i , (1≤ i n ) для сравнения. Для i -й группы G i имеется m i образцов, S ij (1≤ j m i ). Зонд k образца S ij имеет уровень метилирования (как бета-значение) β ijk . Клиническая информация (например, пол, возраст и т. Д.).) рассматривается как ко-переменная: C ijl обозначает значение l -ой совместной переменной выборки S ij . Предполагается, что гауссов шум обозначается как e . FastDMA отклоняет точки данных со значениями p-обнаружения больше 0,05 (ненадежные точки данных).

Нормализация

Задача нормализации предполагает, что все исследуемые образцы имеют одинаковое общее распределение бета-значений. FastDMA использует квантильную нормализацию [16]: во-первых, вычислите квантили бета-значений (с логит-преобразованием) во всех выборках; затем рассчитайте средние значения квантилей; и, наконец, к каждому бета-значению применяется кусочно-линейное преобразование, так что каждая выборка имеет те же квантили, что и среднее значение.Пользователи могут самостоятельно выполнить нормализацию любыми другими методами и пропустить этот шаг.

Анализ с одним датчиком

Первой задачей является идентификация существенно дифференцированно метилированных зондов. Нулевая гипотеза состоит в том, что если зонд не метилирован по-разному, бета-значения этого зонда имеют одинаковые средние значения среди всех групп. В противном случае требуются разные средства среди групп. ANCOVA используется в этой задаче для сравнения двух моделей линейной регрессии, одна из которых предполагает общее среднее значение по всем исследуемым группам, а другая предполагает разные средние значения.Для k -го зонда образца S ij , относящегося к группе G i , имеем:

Нулевая гипотеза формулируется как (1)

Альтернативная гипотеза формулируется как (2)

C ijl обозначает значение l -й сопеременной образца S ij . Средние члены в обоих уравнениях — это влияние переменных. Предполагается, что он линейный.

ANCOVA сравнивает эти две модели линейной регрессии и дает значение p, указывающее, в какой степени можно отклонить нулевую гипотезу.Затем рассчитывается коэффициент ложного обнаружения (FDR) в соответствии с процедурой Бенджамини – Хохберга (BH). Пороги pvalue и FDR для вызова существенно дифференциально метилированных зондов могут быть настроены пользователем вручную. Чтобы облегчить следующий функциональный анализ, зонды аннотируются (например, близлежащие гены) с использованием тщательно подобранной базы данных IlluminaHumanMethylation450k.db (пакет Tim Triche and Jr. R, версия 1.4.6.).

Анализ DMR в предварительно определенных регионах

Одиночный дифференциально метилированный зонд может быть трудно интерпретировать биологически.FastDMA обеспечивает анализ по регионам, который может предоставить дополнительную информацию. Для предопределенной области (например, промотора или CpG-островка), содержащей несколько зондов, если область метилирована равномерно среди всех групп, то предполагается, что значения бета каждого зонда в этой области распределяются одинаковыми средствами независимо. с их групповыми метками. В противном случае область называется дифференциально метилированной. Для области n в ней расположено r зондов, обозначенных как P 1 , P 2 ,…, P r .Значение бета зонда P k образца S ij обозначено, чтобы подчеркнуть, что зонд принадлежит n -й области.

Тогда нулевая гипотеза для этой области формулируется как (3)

Альтернативная гипотеза формулируется как (4)

Подобно сравнению двух моделей в анализе с одним зондом, ANCOVA может сравнивать две вышеупомянутые серии моделей и вычислять значения p, чтобы оценить их различия, соответствующие одним и тем же данным.Кроме того, FDR рассчитывается с использованием процедуры BH.

Анализ DMR в произвольных регионах

Во второй задаче пользователи должны заранее определить регионы. FastDMA также может сканировать все области, покрытые зондами, во всем геноме. Идея найти произвольные DMR состоит в том, чтобы использовать скользящее окно по геному и проверить, является ли каждое скользящее окно DMR, используя вышеуказанную статистическую модель. Затем перекрывающиеся DMR объединяются для получения окончательных результатов. Размер окна по умолчанию составляет 200 бит / с, и в анализе используются только окна с более чем двумя зондами.

Подгонка моделей в ANCOVA всех скользящих окон во всем геноме занимает много времени. FastDMA предоставляет еще один интуитивно понятный способ решения этой задачи: он напрямую использует FDR зондов в скользящем окне из анализа одного зонда и просто вычисляет их среднее геометрическое как оценку этой области. Окна с этим показателем менее 0,05 рассматриваются как DMR, а перекрывающиеся DMR объединяются в качестве окончательных результатов.

Реализация

Компьютеризированные процедуры написаны на C ++.Дополнительный скрипт для предварительной обработки формата данных написан на Python. Программное обеспечение соответствует общедоступной лицензии GNU версии 3 для академического использования и может быть загружено с сайта http://bioinfo.au.tsinghua.edu.cn/software/fastdma. На веб-сайте представлены как упрощенная процедура, так и расширенное руководство пользователя по установке и запуску FastDMA.

Результаты

Наборы данных и эксперименты

Мы применили FastDMA к трем крупномасштабным наборам данных Infinium HumanMethylation450 Beadchip из TCGA BRCA, LUAD и PRAD.Количество выборок для наборов данных составляет 120, 69 и 225 соответственно.

В опухоли обнаружено множество зондов, дифференциально метилированных

FastDMA использовали для расчета значения p и абсолютной разницы дифференциального уровня метилирования ДНК каждого зонда. Результаты общей статистики показаны в виде графиков вулканов на рис. 2. 10 лучших гиперметилированных опухолями зондов суммированы в таблице 1. Как видно из рисунка 2, многие зонды значительно дифференцированно метилированы.Мы установили порог как pvalue <0,01 и FDR <0,05. FastDMA определяет около половины зондов как дифференциально метилированные в наборах данных BRCA и PRAD. Хотя и меньше этих двух, в наборе данных LUAD все еще есть более одной трети зондов, идентифицированных как дифференциально метилированные (подробные числа показаны в таблице 2). Эти цифры согласуются с недавно опубликованным исследованием гепатоцеллюлярной карциномы печени [17]. Эти результаты означают, что геном рака глобально изменяется с учетом состояния метилирования ДНК.

Рис. 2. Графики вулканов, полученные при однократном анализе.

На панелях A, B и C показаны результаты для BRCA, LUAD и PRAD соответственно. Каждая точка на графике представляет собой зонд с шариковой микросхемой. Вертикальная ось указывает логарифмически преобразованное значение p этого зонда, рассчитанное с помощью ANCOVA, а горизонтальная ось указывает среднюю разницу между уровнями метилирования в опухолевых и нормальных образцах (опухоль — нормальная).

https://doi.org/10.1371/journal.pone.0074275.g002

Чтобы проиллюстрировать поддержку множественной группы и клинической ко-переменной, мы создали небольшой набор данных тестирования, включающий данные массива четырех метастатических опухолей BRCA. образцы и случайно выбранные образцы первичной опухоли соответствующего размера и нормальные образцы из TCGA.Возраст на момент постановки первичного патологического диагноза рассматривается как ковариант. Мы запустили FastDMA, чтобы найти дифференциально метилированные сайты в нормальных, опухолевых и метастатических группах. При пороговом значении p <0,01 и FDR <0,05 29 зондов идентифицируются как дифференциально метилированные (это небольшое количество в основном связано с слишком малым количеством доступных образцов).

Анализ DMR помогает найти геномные области для дальнейшего изучения

DMR-сканирование может выполняться либо в заранее определенных регионах, либо в произвольных регионах по всему геному с использованием одной и той же вычислительной модели.Здесь мы сообщаем результаты только путем сканирования произвольных областей. Пороги статистической значимости были установлены такими же, как и для анализа с одним зондом (pvalue <0,01 и FDR <0,05). При таких настройках FastDMA находит 60877, 48930 и 56179 кандидатов DMR (в основном охватывающих несколько сотен базовых пар) в наборах данных BRCA, LUAD, PRAD соответственно. В таблице 3 показано состояние (гиперметилирование опухоли или гипометилирование опухоли) и расположение (островок CpG или не-CGI) этих кандидатов в DMR. На рисунке 3 представлены скриншоты IGV [18], показывающие несколько случаев.Все эти случаи гиперметилированы при раке и лежат в 5'-области близлежащего гена (промоторная область). Эти области содержат плотное распределение многих дифференциально метилированных зондов и поэтому могут быть интересными кандидатами для дальнейшего функционального или биомаркерного анализа.

Рисунок 3. Несколько примеров геномных областей, идентифицированных FastDMA как DMR.

Все области генома, показанные на этом рисунке, гиперметилированы при раке и лежат в 5′-области ближайшего гена.Зеленая (нормальная) и красная (опухоль) вертикальные полосы представляют уровни метилирования зондов, расположенных в каждой области. Голубые горизонтальные полосы показывают дифференциально метилированные области, идентифицированные FastDMA. A, B взяты из набора данных BRCA; C, D взяты из набора данных LUAD; E, F взяты из набора данных PRAD.

https://doi.org/10.1371/journal.pone.0074275.g003

Для проверки наших результатов мы случайным образом выбрали 20 кандидатов в наборах данных LUAD, а затем выполнили проверку в соответствии с другой статистической структурой, предложенной Jaffe et al [ 19].Все 20 кандидатов имеют сильную статистическую значимость (со значением p менее 0,001).

FastDMA находит по существу те же дифференциально метилированные зонды, что и IMA, но работает с гораздо более высокой вычислительной эффективностью

Мы сравнили FastDMA и IMA (в режиме t-критерия Стьюдента) по метилированию трех раковых ДНК с помощью анализа одного зонда. Пороги для идентификации дифференциальных зондов были установлены как pvalue <0,01 и FDR <0,05. В таблице 2 показано количество зондов, идентифицированных IMA и FastDMA в различных контекстах.Показано, что более 98% идентифицированных зондов перекрываются в FastDMA и IMA, что указывает на правильность.

Чтобы сравнить вычислительную эффективность, мы запустили их на наборе наборов тестовых данных (сгенерированных из реальных данных TCGA) с разными размерами данных, варьирующимися от 40 до 220. FastDMA может работать параллельно, мы запускали FastDMA дважды, используя либо один поток, либо четыре параллельных потока. Чтобы точно измерить потребление времени, мы трижды запускали программное обеспечение для каждого набора данных тестирования и вычисляли среднее потребление времени со стандартным отклонением.Как показано на рисунке 4, FastDMA работает с гораздо большей эффективностью.

Рисунок 4. Сравнение вычислительной эффективности FastDMA и IMA.

FastDMA был протестирован как в однопоточном, так и в четырех-параллельном режиме. A) Сравнение средних затрат времени (рассчитано путем трехкратного повторного запуска программы). Б) Сравнение по потреблению памяти.

https://doi.org/10.1371/journal.pone.0074275.g004

Обсуждение

В качестве многообещающей платформы для определения состояния метилирования ДНК в масштабе всего генома начинает широко использоваться чип Infinium HumanMethylation450 Beadchip по относительно низкой цене.FastDMA предоставляет интегрированный конвейер и решение с высокой вычислительной эффективностью для анализа такого рода данных. Это программное обеспечение может принести пользу сообществу специалистов по метилированию ДНК, особенно для крупномасштабных клинических исследований. FastDMA использует общий формат ввода. За исключением чипа Beadchip 450 K, его также можно использовать для анализа данных, полученных с других платформ, таких как предыдущий чип Infinium HumanMethylation27 Beadchip и, возможно, будущие чипы Infinium с использованием той же технологии.

Следует отметить, что FastDMA специально не разработан для нормализации данных.Пользователи могут использовать любую другую сложную процедуру нормализации (например, в [20]) вместо простой квантильной нормализации, если этот шаг является решающим для последующего анализа данных. Серьезные опасения вызывают массив метилирования ДНК, поскольку платформа может содержать потенциальные технические артефакты [21]. Чтобы решить эту проблему, мы разработали параметр командной строки для фильтрации зондов с геномными вариантами или совместной гибридизацией в соответствии с недавней работой [22]. Кроме того, любые биологические интерпретации для дифференциальных метилированных зондов должны быть сделаны осторожно.

FastDMA может без проблем работать в основных системах Linux / Unix с использованием командной строки. Для упрощения визуализации результатов программное обеспечение форматирует выходные данные как широко используемые файлы BED, которые можно напрямую загружать в любые инструменты браузера генома. В будущем мы разработаем графический пользовательский интерфейс для пограничных пользователей с меньшим опытом работы на компьютере.

Вклад авторов

Задумал и спроектировал эксперименты: JG MZ. Проведены эксперименты: DW. Проанализированы данные: DW.Написал статью: DW JG.

Ссылки

  1. 1. Холлидей Р., Пью Дж. Э. (1975) Механизмы модификации ДНК и активность генов во время развития. Наука 187: 226–232.
  2. 2. Jones PA (2012) Функции метилирования ДНК: острова, стартовые сайты, тела генов и т. Д. Нат Рев Генет 13: 484–492
  3. 3. Numata S, Ye T, Hyde TM, Guitart-Navarro X, Tao R и др. (2012) Признаки метилирования ДНК в развитии и старении префронтальной коры головного мозга человека.Am J Hum Genet 90: 260–272
  4. 4. Ширстон Дж. Р., Поп Р., Бок С., Бойл П., Мейснер А. и др. (2011) Глобальное деметилирование ДНК во время эритропоэза мышей in vivo. Наука 334: 799–802
  5. 5. Kriaucionis S, Heintz N (2009) Основание ядерной ДНК 5-гидроксиметилцитозин присутствует в нейронах Пуркинье и головном мозге. Наука 324: 929–930
  6. 6. Suzuki H, Toyota M, Carraway H, Caraway H, Gabrielson E и др. (2008) Частая эпигенетическая инактивация генов-антагонистов Wnt при раке груди.Br J Cancer 98: 1147–1156
  7. 7. Иасваран ХП, Ван Несте Л., Коуп Л., Сен С., Мохаммад ХП и др. (2010) Аберрантное молчание связанных с раком генов за счет гиперметилирования CpG происходит независимо от их пространственной организации в ядре. Cancer Res 70: 8015–8024
  8. 8. Листер Р., О’Мэлли Р.С., Тонти-Филиппини Дж., Грегори Б.Д., Берри С.К. и др. (2008) Высокоинтегрированные карты эпигенома Arabidopsis с одним базовым разрешением. Ячейка 133: 523–536
  9. 9.Бибикова М., Ле Дж., Барнс Б., Саединия-Мельник С., Чжоу Л. и др. (2009) Полногеномное профилирование метилирования ДНК с использованием анализа Infinium®. Эпигеномика 1: 177–200
  10. 10. Meissner A, Gnirke A, Bell GW, Ramsahoye B, Lander ES и др. (2005) Сокращенное представление бисульфитного секвенирования для сравнительного анализа метилирования ДНК с высоким разрешением. Nucleic Acids Res 33: 5868–5877
  11. 11. Serre D, Lee BH, Ting AH (2010) Секвенирование генома, изолированное с помощью MBD, обеспечивает высокопроизводительное и всестороннее исследование метилирования ДНК в геноме человека.Nucleic Acids Res 38: 391–399
  12. 12. Dedeurwaerder S, Defrance M, Calonne E, Denis H, Sotiriou C и др. (2011) Оценка технологии метилирования инфиниума 450 К. Эпигеномика 3: 771–784
  13. 13. Fackler MJ, Umbricht CB, Williams D, Argani P, Cruz L.-A и др. (2011) Полногеномный анализ метилирования выявляет гены, специфичные для рецепторного статуса гормона рака груди и риска рецидива. Cancer Res 71: 6195–6207
  14. 14. Чжуан Дж., Джонс А., Ли С. Х., Нг Э, Фигл Х и др.(2012) Динамика и прогностический потенциал изменений метилирования ДНК в локусах генов стволовых клеток при раке у женщин. PLoS Genet 8: e1002517
  15. 15. Ван Д., Ян Л., Ху К., Сушестон Л. Е., Хиггинс М. Дж. И др. (2012) IMA: пакет R для высокопроизводительного анализа данных Illumina о метилировании 450 K Infinium. Биоинформатика 28: 729–730
  16. 16. Bolstad BM, Irizarry RA, Astrand M, Speed ​​TP (2003) Сравнение методов нормализации для данных массива олигонуклеотидов высокой плотности на основе дисперсии и смещения.Биоинформатика 19: 185–193.
  17. 17. Шен Дж, Ван С., Чжан И-Дж, Ву Х.С., Кибрия М.Г. и др .. (2012) Изучение профилей метилирования ДНК по всему геному, измененных при гепатоцеллюлярной карциноме, с использованием чипов Infinium HumanMethylation 450 BeadChips. Эпигенетика 8.
  18. 18. Робинсон Дж. Т., Торвальдсдоттир Х., Винклер В., Гутман М., Ландер Е. С. и др. (2011) Программа просмотра интегративной геномики. Nat Biotechnol 29: 24–26
  19. 19. Jaffe AE, Murakami P, Lee H, Leek JT, Fallin MD, et al.(2012) Bumpunting для выявления дифференциально метилированных регионов в эпигенетических эпидемиологических исследованиях. Int J Epidemiol 41: 200–209
  20. 20. Максимович Дж., Гордон Л., Ошлак А. (2012) SWAN: Подмножество-квантиль в нормализации массива для Illumina infinium HumanMethylation450 BeadChips. Genome Biol 13: R44
  21. 21. Blair JD, Price EM (2012) Выявление потенциальных технических артефактов зондов ДНК-метилирования. Am J Hum Genet 91: 760–762
  22. 22.Чен Ю., Лемир М., Шуфани С., Батчер Д. Т., Графодатская Д. и др. (2013) Обнаружение перекрестно-реактивных зондов и полиморфных CpG в микрочипе Illumina Infinium HumanMethylation450. Эпигенетика 8: 203–209

Spyder Falline GORE-TEX Infinium Down Ski Jacket (Женская)

Стиль: 193008

Любой серьезный лыжник знает, что для самого пушистого и легкого снега лучше всего подходят низкие температуры.Поэтому, когда условия благоприятные, а температура выражается однозначными числами, наденьте лыжную куртку Spyder Falline GORE-TEX Infinium Down Ski Jacket. Эта элитная женская лыжная куртка наполнена утеплителем из гусиного пуха с наполнителем 650, который от природы легкий и воздухопроницаемый, а также, конечно, очень теплый. Благодаря ламинату GORE-TEX® INFINIUM®, ткань имеет шерстяную мягкость на ощупь, благодаря которой влага скапливается снаружи, а не проникает в ваши слои. Добавьте к этому Spyder’s Gold Chasis, который улучшает посадку и подвижность куртки благодаря полностью растягивающемуся дизайну и подкладке из проставочной сетки на плечах, и вы получите мобильную посадку, которая не будет удерживать вас на склонах.В холодные дни, когда вам нужно максимальное тепло и комфорт, лыжная куртка Spyder Falline GORE-TEX Infinium Down Ski станет незаменимым помощником.

ОСНОВНЫЕ ХАРАКТЕРИСТИКИ
  • 650-Гусиный пух с наполнителем GORE-TEX для наилучшей защиты от тепла и водонепроницаемости
  • Gold Chasis Spyder включает в себя съемную пороховую юбку, которую также можно откинуть назад, когда она не используется
  • Индивидуальный крой из эластичной ткани на 360 градусов для повышения мобильности
SPECS
  • Посадка: расслабленная
  • Водонепроницаемость: 10/10
  • Тепло: 10/10
  • Тип изоляции: пух
  • Длина (дюймы): 25
  • Герметизация шва: критически проклеена лентой
  • Степень заполнения пуха: 650
  • Рейтинг воздухопроницаемости (граммы): 25000
  • Рейтинг водонепроницаемости (мм): 25000
ХАРАКТЕРИСТИКИ
  • Съемный капюшон
  • Порошковая юбка
  • Внутренние карманы
  • Проклеены лентой Швы
  • Изолированный
  • Набедренники
  • GORE-TEX
  • Капюшон, совместимый со шлемом
  • Регулируемые манжеты
  • Подол на шнурке
  • Искусственный мех
  • Большой внутренний карман
  • Съемная пороховая юбка
  • Поясные карманы
  • Подмышки

Огма Инфиниум (8 песен для замка)

Огма Инфиниум (8 песен для замка) | In † rσwΣrks ••• показывай меньше

Получайте свежие музыкальные рекомендации, которые будут приходить на ваш почтовый ящик каждую пятницу.

  • Цифровой альбом

    потоковое + скачать

    Включает высококачественную загрузку в форматах MP3, FLAC и др.Платные сторонники также получают неограниченное количество потоковых трансляций через бесплатное приложение Bandcamp.

    Можно приобрести с подарочной картой

    Купить цифровой альбом
    Отправить как подарок

  • Поделиться / Встроить

около

8 песен, написанных для Бастл Кастле.Вдохновлен событиями и книгами в мире Skyrim.

кредитов

выпущено 10 апреля 2020 г.

Написано и произведено Кристианом Аттардом

лицензия

тегов

Если вам нравится In † rσwΣrks, вам также могут понравиться:

.
Обновлено: 14.08.2021 — 04:14

Добавить комментарий

Ваш адрес email не будет опубликован. Обязательные поля помечены *